农产品物流企业是农产品生产、流通和消费发展到一定阶段，以现代物流技术和管理理论为支撑，从农产品生产和流通中分离出来、专门从事农产品物流活动的一类专业性物流组织，它以其专业化的优势，对于农产品从产出到消费的整个物流过程中农产品物流成本的节约具有重要的作用。由于农产品的特点，农产品物流难、成本高，众多包括农户在内的农产品生产和流通企业，迫于成本的压力将农产品物流纷纷外包，那么，农产品物流企业又该怎样管理和控制本企业的成本、实现集约化运行，是本文要进行深入研究的问题。 本文首先对农产品物流企业及其相关问题进行了基础性研究，界定了农产品物流、农产品物流主体等有关的概念，分析并重构了我国农产品物流的网络结构，对农产品物流企业及其物流系统进行了详细分析：构建了农产品物流企业的11维成本结构模型，并给出了核算的具体方法，构造了农产品物流企业的行为型成本函数和结构型成本函数，并进行成本控制方面的经济学分析；针对特定的情形，分析了农产品物流企业库存成本、选址相关成本及服务成本的局部成本优化问题，分别构建了相应的数学模型予以解决；给出了农产品物流企业实施成本控制的一般理论和方法，强调了成本函数、作业成本法和ABC分类法的综合应用和基于供应链的物流成本控制。具体的研究内容主要包括以下几个方面： (1)从农产品出发，细致地分析了农产品、农产品物流、农产品物流主体以及我国农产品物流的网络结构并进行了重构。对农产品物流企业进行了详细的讨论，给出了农产品物流企业的定义、分类、服务模式，梳理了我国农产品物流企业的发展轨迹，构建了农产品物流企业物流系统模型。 (2)构建了以物流项目类别、范围类别、支付形态类别为元结构、以客户种类类别、客户服务阶段类别、农产品类别、物流产品类别、地理位置类别、资源类别、部门类别、时间类别等为辅助结构的具有农产品物流特点的11维成本结构模型，分别给出了相应的核算方法，及核算的一般步骤。 (3)从一般生产制造企业的成本函数与生产函数研究出发，通过对行为型成本函数影响变量的分析和选取，利用了多元线性回归模型拟合出了农产品物流企业的行为型成本函数，以生产要素价格和产出为变量，构建了农产品物流企业的结构型成本函数，并分析了这两类函数的应用。 (4)针对兼营型农产品物流企业在农产品收获季节进行储藏主要涉及到库存成本问题，构建了农产品变质率为常数、需求率为时间变量的动态存储模型；针对农产品物流企业在分散的村镇进行收集时选址涉及到的成本优化问题给出了0-1规划模型，为此类问题的成本控制提供了解决办法。针对以客户为中心的客户服务成本的优化问题，建立了客户的效用函数，构建了关于服务水平的单目标、多目标和多目标分式规划模型。 (5)总结了企业成本控制和企业物流成本控制的基本思想，提出了农产品物流企业成本控制的一般理论和方法。研究了作业成本法、成本函数ABC：分类法在农产品物流企业成本控制中应用以及作业成本法的矩阵原理，讨论了农产品物流企业对农产品供应链物流成本的控制机理，构建了农产品物流企业的双层供应链模型。