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蝙蝠是翼手目动物的俗称,物种丰富,分布广泛,与人类接触密切,是多种人兽共患病的病源。目前,国内外对蝙蝠体内携带的病毒已有较多研究,但蝙蝠体内携带致病菌的报道较少。中国人有利用蝙蝠的胴体和粪便入药或作为肥料的习俗,近年来,许多蝙蝠栖息的洞穴被开发成旅游景点,这增加了人与蝙蝠接触的机会,导致蝙蝠体内一些致病菌对人体的适应,从而传播给人类。随着传染性疾病种类的不断增加,人们日益关注自身健康与蝙蝠的关系,蝙蝠作为细菌宿主的研究也逐渐引起人们的关注。蝙蝠的胃肠道内存在着庞大的细菌群落,本研究运用传统分离培养方式、16S rDNA序列分析技术和Illumina MiSeq高通量测序技术对亚洲长翼蝠(Miniopterus fuliginosus)和马铁菊头蝠(Rhinolophus ferrumequinum)胃肠道的细菌进行了分离与鉴定。结果如下:1.传统培养方式和16S rDNA序列分析技术综合鉴定结果:亚洲长翼蝠胃中分离出的细菌分属于3个属,分别是肠杆菌属(Enterobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)、肠球菌属(Enterococcus)。亚洲长翼蝠肠道中分离出的细菌分属于4个属,分别是肠杆菌属(Enterobacter)、普罗威登斯菌属(Providencia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和乳球菌属(Lactococcus)。马铁菊头蝠胃中分离出的细菌分属于4个属,分别为肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、摩根氏菌属(Morganella)和肠球菌属(Enterococcus)。马铁菊头蝠肠道中分离出的细菌分属4个属,肠杆菌属(Enterobacter)、拉乌尔菌属(Raoultella)、肠球菌属(Enterococcus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)。2.Illumina MiSeq高通量测序技术结果显示:在样本菌群组成方面,在门水平上,亚洲长翼蝠胃肠道细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),马铁菊头蝠胃肠道细菌主要集中在变形菌门(Proteobacteria)、无壁菌类(Tenericutes)和厚壁菌门(Firmicutes);在科水平上,亚洲长翼蝠胃肠道细菌主要分布在草酸杆菌科(Oxalobacteraceae),肠球菌科(Enterococcaceae),链球菌科(Streptococcaceae),肠杆菌科(Enterobacteriaceae),马铁菊头蝠胃肠道细菌主要分布巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae),草酸杆菌科(Oxalobacteraceae),肠杆菌科(Enterobacteriaceae),支原体科(Mycoplasmataceae),肠球菌科(Enterococcaceae);在属水平上,亚洲长翼蝠胃肠道内细菌的优势菌属为Undibacterium,肠球菌属(Enterococcus),乳球菌属(Lactococcus),葡萄球菌属(Staphylococcus),漫游球菌属(Vagococcus),拉乌尔菌属(Raoultella)和不动杆菌属(Acinetobacter)等13个属(胃肠样本中有一个菌群含量超过1%)。马铁菊头蝠胃肠道细菌内的优势菌属为Undibacterium,放线杆菌属(Actinobacillus),肠球菌属(Enterococcus),支原体属(Mycoplasma),摩根氏菌属(Morganella)等9个属(胃肠样本中有一个菌群含量超过1%)。其中仅有5属为共有菌属,其余均不相同。亚洲长翼蝠和马铁菊头蝠肠道菌群组成与个体差异有关,而胃中菌群组成相对来说比较稳定,与个体间的差异相关性不大。在α多样性分析方面,亚洲长翼蝠和马铁菊头蝠肠道细菌丰度和多样性都大于胃中。在β多样性分析方面,这两种蝙蝠的胃中菌群结构在进化上的相似度较高,而肠道中的菌群结构相似度较低。3.亚洲长翼蝠和马铁菊头蝠胃肠道中的大部分细菌是人类致病菌或潜在致病菌,本研究从这两种蝙蝠胃肠道中共分离出肠杆菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯氏菌属、葡萄球菌属、摩根氏菌属、乳球菌属、肠球菌属、放线杆菌属、不动杆菌属等十几种常见致病菌,因此,应尽量减少与蝙蝠的接触,有蝙蝠居住的洞穴应禁止开发旅游,有蝙蝠活动的水源附近,避免蝙蝠活体及粪便引起水源和食物污染,以防止人和蝙蝠之间疾病的传播。