转录因子的结合与组蛋白修饰的发生对于基因表达的精确调控是至关重要的,转录因子通过与基因的启动子、增强子等调控区域特异的、短的序列模体相结合,激活或抑制基因的转录表达。调控基因的转录因子总是与包括组蛋白修饰在内的其他因子相关联。当前,随着高通量测序技术的广泛应用,基于染色质免疫共沉淀的测序技术得到了大量的转录因子结合和组蛋白修饰的ChIP-Seq数据,使得研究转录因子结合和组蛋白修饰调控基因转录表达的相互作用模式成为可能。为了得到更显著的结合位点富集信息,借助于信号峰搜索(peak finders)算法,ENCODE数据库提供了转录因子结合和组蛋白修饰信号峰(Peaks)数据。本文利用人类GM12878和K562两类细胞系共有的55种转录因子与11种组蛋白修饰最新的结合信号峰数据,统计了转录因子和组蛋白修饰在两类细胞系中基因组范围及TSS附近的分布,计算了转录因子和组蛋白修饰的重叠率和平均重叠率,讨论了转录因子之间相互作用发挥调控功能的潜在组合模式,比较了转录因子结合与组蛋白修饰的细胞系特异性。基于RNA-Seq转录组数据,构建了具有高、低表达水平的基因库。根据TSS附近转录因子结合和组蛋白修饰的分布信号,利用SVM(支持向量机)算法,对两类基因进行识别,发现了一些具有较高识别能力的转录因子与组蛋白修饰,最好的识别精度达到93%。通过分析发现分布差异大的转录因子或组蛋白修饰识别高低表达基因的能力也是相差很大的,并且分布差异的趋势与识别差异的趋势基本保持一致；最后,通过重叠率和平均重叠率的计算结果,来对识别的结果进行了分析。