计算机辅助药物设计(computer aided drug design, CADD)是形成于计算机技术、分子生物学以及分子药理学等多学科交叉发展的基础上的一种药物研发新技术。将CADD方法应用于药物设计,这在很大程度上加快了药物设计和开发的速度。CADD中被广泛应用且很成功的方法包括三维定量构效关系(3D-QSAR)方法和分子对接(molecular docking)方法。本论文以计算机辅助药物设计的方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂的活性、吡唑类衍生物作为EGFR激酶抑制剂的抑制活性以及C6-取代苯酞类与单胺氧化酶的结合模式。本论文共分4章：第一章：对计算机辅助药物设计的基本方法作了简述,详细介绍了定量构效关系(三维定量构效关系)和分子对接方法。第二章：采用三维定量构效关系(3D-QSAR)和分子对接方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂结构与活性的关系及其与酶的结合模式。本工作以黄嘌呤氧化酶抑制剂分子为研究对象,运用三维定量构效关系方法在抑制剂分子结构与活性之间的关系方面建立了模型,获得了对活性产生影响的主要结构因素信息,并借助分子对接做了印证。最后由所得结论对该类抑制剂进行结构修饰,设计出了一系列具有更高预测抑制活性的分子。第三章：应用三维定量构效关系(3D-QSAR)方法对46个EGFR激酶抑制剂进行了研究,通过分析建立了结构和活性之间的关系模型,根据所得影响活性的重要结构因素信息设计了新的抑制剂分子并对其活性进行了预测,预测结果显示新设计的抑制剂分子活性有所提高。第四章：采用分子对接软件AUTODOCK4.2对C6-取代苯酞类与单胺氧化酶进行了分子对接研究,分别从苯酞和C6-取代苯酞类与MAO-A和MAO-B的结合力、对接所得预测结合能与实验生物活性值的关系、C6-取代苯酞代表物与MAO-A和MAO-B的结合模式等方面来分析该类化合物与单胺氧化酶的结合作用情况。通过结合模式的分析我们可以得出有用的信息,对已有结构进行修饰,从而可以设计一系列新的高活性的抑制剂分子,另外可以利用已有的对接方法研究新的抑制剂分子的对接结合模式以及对其结合能力进行预测。