N6-甲基腺嘌呤修饰调控因子促进肝细胞癌的进展及影响其临床预后

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肝细胞癌(HCC)是威胁全球公共健康的最常见癌症类型之一。真核生物mRNA中的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)RNA甲基化修饰与癌症发生发展相关,m6A修饰主要由m6ARNA甲基化修饰调控因子(“编码子、消码字和读码子”)动态调节。然而,m6ARNA甲基化修饰调控因子在肝细胞癌中的发生发展及预后作用尚不完全清楚。目前本研究旨在探讨m6ARNA甲基化修饰调控因子在肝细胞癌中的作用,并构建肝细胞中m6ARNA甲基化修饰调控因子的风险特征模型和确定其预后价值。1.TCGA数据库肝癌组织中19个m6A修饰调控因子的表达情况及其在肝癌进展的作用利用TCGA下载肝癌样品以及正常对照样品的RNA-seq转录组数据及患者临床信息,分析发现肝癌组织中19个m6A RNA甲基化修饰调控因子普遍表达异常,通过一致性聚类分析19个m6A RNA甲基化修饰调控因子确定了两个具有不同临床结果和临床病理特征的肝癌亚组,主成分分析检验分组的有效性,卡方分析表明分组与临床分期、肿瘤病理分级及生存状态相关,生存分析发现群集2亚组肝癌患者预后明显较差,然后对两个亚组进行差异基因功能富集及GSEA分析发现m6A RNA甲基化修饰调控因子与肝癌恶性进展的生物学过程和信号通路显著相关。2.构建肝癌患者风险特征模型及评估其预后价值进一步利用单因素COX回归筛选出与肝癌患者生存预后相关的12个m6ARNA甲基化调控因子,将其纳入LASSO回归分析发现可基于六个m6ARNA甲基化修饰调控因子(YTHDF2、YTHDF1、IGF2BP3、KIAA1429、METTL3、ZC3H13)构建患者的风险特征模型。ROC曲线分析显表明风险评分特征预测效率良好。卡方分析表明风险评分特征与肝癌患者的T分期、临床分期、肿瘤病理分级及生存状态等临床病理特征密切相关,多因素COX分析表明肝癌患者风险评分特征可作为一个独立的预后指标。3.NCBI及GEPIA分析YTHDF1在人体正常组织及其他肿瘤的表达概况利用NCBI及GEPIA数据库分析发现,与其它正常组织相比,YTHDF1在人正常肝组织中表达较低,但在HCC中高表达,YTHDF1的表达水平与患者的总生存时间显著相关。4.YTHDF1在乙肝相关性肝细胞癌组织中的表达及其临床意义我们采用实时荧光定量PCR及免疫组织化学染色分别检测从基因转录水平及蛋白水平检测YTHDF1的表达,发现乙肝相关性HCC组织中YTHDF1表达显著高于癌旁组织,YTHDF1的表达水平与患者肿瘤大小、有无门脉癌栓、有无微癌栓、病理分化程度、TNM分期、BCLC分期显著相关;生存分析显示,YTHDF1高表达的患者无瘤生存时间较差;COX回归分析显示,癌组织高表达YTHDF1是患者无瘤生存时间的独立危险因素之一。总之,m6A修饰调控因子在肝癌恶性进展中的扮演着关键角色,同时在肝癌的预后分层和治疗策略的制定中具有潜在作用。
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