本论文侧重从证券公司的角度研究对证券清算制度作了深入研究。全文的主要结构包括四大部分： 第一部分中国证券公司清算体制的一般理论研究这一部分重点在描述证券清算的理论基础，回顾了中国证券公司清算体制的历史演变，分析了目前证券公司清算体系的主要弊端，描绘了中国证券公司清算体系的未来趋势。 第二部分关于证券公司集中清算模式的研究这部分对于原有分布式清算体制的弊端了进行了深入研究，对集中清算体制进行了系统探讨，对集中清算体制开发的要点进行了研究，对两种模式下的会计核算作了深入比较，对于集中清算体制的金融创新产品进行了初步探讨。 第三部分对证券公司证券托管制度的研究这部分对于证券托管制度进行了探讨，对目前混乱的托管体制进行了深入剖析，对未来证券托管体制进行了研究，提出看穿式二级托管应该是未来可行的托管制度，对于融资融券的清算制度作了初步描述，对于DVP和证券托管制度的关系进行了探讨。 第四部分客户资金第三方存管制度研究新的证券法明确了客户交易结算资金必须在商业银行单独立户管理，但是对于这一清算制度的研究极为缺乏，本文对于这一新的清算制度进行了深入研究，对于第三方存管的基本原则进行了理论研究，对第三方存管的法律基础进行了探讨，并提出了客户资金第三方存管的国泰君安模式，这一模式已经成为第三方存管的主流模式，得到中国证监会和证券行业的高度认同。