排污许可制度作为根本的环境管理制度,在污染物防控以及环境管理规制过程发挥着重要功能。在加速建立生态文明法律制度的进程,这项制度早已被打上“高光”。作为固定点源污染治理的核心制度,不仅可以改变此前固定污染源环境管理多头治理局面的管理模式,同时可以避免企业申请和主管部门行政审批程序上的重复、提高行政效率,更能平衡利益冲突,完成对排污单位从核发到注销全生命周期的监管,改善环境质量。但是处于深化改革阶段的排污许可制度,承载着诸多利益分配问题,目前尚存在许可证设定的范围狭窄、许可证的主体责任不完善、许可证的监管不到位、许可程序中公众参与的不足等诸多问题。另外,在新一轮国务院机构改革方案中,取消环保部,组建中华人民共和国生态环境部,下一步如何科学合理地设置环境管理体制才能有效发挥生态环境部对排污许可制度实施的监管效果?要想使这一系列的问题得到圆满的解决,这就不可避免的需要我们求助于法律的逻辑,继续完善现有排污许可证管理的法律制度,完善制度实施保障机制,最终实现制度价值及功能。本文以外部性理论和公共信托信托理论为研究理论基础,分析了排污许可制度的基本价值问题。然后,以“武威荣华排污案”为切入点,探讨中国排污许可证制度实施的困境,指出其在实施过程中尚存在许可证设定的范围狭窄、许可证的主体责任不完善、许可证的监管不到位、许可程序中公众参与的不足等问题,并从立法到法律实践再到技术规范三个层面分析了制约排污许可制度功能发挥的深层原因。之后从许可证制度的法律地位、规范范围、许可标准、管理体制、实施与保障几方面对美国水污染领域排污许可制度进行研究并借鉴,在此基础上提出了完善我国排污许可制度实施保障机制的具体构想,健全立法保障,规范排污单位的守法保障机制,完善环保部门监管保障机制,强化公众参与的保障机制。