对RNA结构与功能的研究是当今生物信息学一个非常重要的课题,对RNA自身功能的认识在今已经得到了很大的拓展和深入,而研究它更可以作为研究蛋白质结构与功能以及DNA序列中基因信息的突破口.一个RNA序列可以看作是一个有四个字母的字母表N={A,C,G,U}上的字(word),而RNA二级结构是自由基(freebase)和基对A-U和C-G组成的.在一定程度上,RNA二级结构经过处理后都可以转化为线性序列.因此,组合学和统计学的工具和方法可以在研究生物序列和生物结构上发挥很大的作用.同样我们可以用几何方法来表示生物序列和二级结构,几何拓扑和群论也发挥了很大的作用.目前所有有关RNA二级结构的预测算法要预测出所有序列的二级结构仍然很困难,本文系统介绍了从上世纪70年代以来发展至今的各类RNA二级结构预测算法,从对RNA结构预测方法的追溯和跟踪,对当今RNA研究的进展和形势做了一个总结.并且应用组合计数的技巧解决了一类RNA二级结构的计数问题.本文主要内容包括以下几方面:首先介绍了一些分子生物学中的基础知识.大多数后面要用到术语和基本概念都在这里做了简要的介绍.接着详细介绍了RNA二级结构预测的一些相关知识.如:方法的发展、基本原理、局限性等.并介绍了目前几种典型的RNA二级结构预测算法.最后应用组合计数的技巧解决了一类RNA二级结构的计算问题.