近年来,随着国家对农村投入的大幅增加,农村基层组织工作人员职务犯罪也呈上升趋势,这严重影响了国家政策在新农村建设的部署落实,严重损害了农民利益,影响着我国农村社会的和谐稳定。目前,由于法律对农村基层组织人员职务犯罪的若干问题规定的模糊性,导致了理论界和司法界对现行法律、立法解释和司法解释的理解不一致,引发了农村基层组织人员职务犯罪案件判定的争议,以致于人民法院在审判实践中经常出现同罪不同罚或同罚不同罪的现象。因此,对于农村基层组织人员在职务犯罪如何定罪量刑,如何预防和惩治,是目前社会面临的一个重大课题,值得我们进一步的探讨和学习。第一部分：主要介绍了一起农村基层组织人员贪污退耕还林补助款的案情以及审判结果,提出了审判过程中引发的焦点问题。第二部分：主要对本案中引发的几个焦点问题进行了分析。一是万某、乔某等共同贪污退耕还林补助款构成贪污罪还是职务侵占罪,二是被告人用于村务开支的款项是否应从总额中扣除?三是各被告人涉案金额应按全部总额计算,还是按分赃金额计算?第三部分：通过以上分析梳理,引出农村基层组织人员职务犯罪法律适用中存在的若干疑难问题,并结合自己的分析和理解,提出了一些解决的建议和构想。结语部分：主要介绍了目前我国农村基层组织人员职务犯罪的现状和存在的疑难问题,认为要解决好农村基层的腐败问题,首要措施就是要切合现代农村实际情况,从制度上构建预防农村基层组织人员职务犯罪的发生。