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精神发育迟滞(Mental retardation,MR)是在生命早期,由遗传与环境因素共同作用所导致的综合症。我国贫困地区特别是中西部贫困地区发病率比较高,秦巴山区就是其中之一。因此,深入研究该地区MR形成的遗传病因,对建立有效的遗传监控措施具有重要的意义。本研究以先期研究为基础,在课题组初步发现的染色体区段Xq12-Xq23之中选择了其中的NLGN3基因,采用病例-对照样本,对NLGN3基因与该地区MR的相关性进行了探讨。NLGN3基因编码神经细胞表面蛋白家族成员中的一种,该蛋白家族的成员可以作为β-细胞黏附因子的一种配体,并且涉及到中枢神经系统中突触的形成和重塑,进而可能通过调节突触间神经信号传导而与MR相关。本研究在NLGN3基因上共选择了6个SNPs标记位点,采用PCR-SSCP结合测序结果,对187例MR儿童及213例对照组儿童的基因各位点进行分型,进而通过关联分析法对两组儿童各位点等位基因及基因型频率分布的差异性进行分析。结果如下:(1)除了rs4844287位点在中国人群中只有两种型以外,其它的5个SNPs位点各等位基因和基因型频率在不同性别儿童的分布中均无明显差异。(2)各位点单位点分析结果显示rs11795613位点的等位基因频率与基因型频率在MR与对照组间均存在显著性差异(P值分别为0.0009,0.006),Bonferroni校正后其显著性依然存在,两组儿童的其它5个标记均未有显著性差异(P>0.05)。(3)单倍型分析表明,rs5981077-rs11795613组成的单倍型块和秦巴山区MR显著相关(P=0.0004),经校正后显著性依然存在,与单位点分析结果一致。本研究结果提示,NLGN3基因与秦巴山区儿童MR有关,在该基因的rs1795613位点以及rs5981077-rs11795613单倍型块所标记的染色体区段中,可能存在着致病突变位点,需要做进一步的检测分析。