公益性科研机构以向全社会提供公共技术和服务为主，关系到国计民生和社会进步，是政府协调社会发展不可缺少的技术支撑。当前，我国社会经济的可持续发展，面临着资源短缺、生态恶化、人口众多、自然灾害等不利因素，而这些需要社会公益性的研究机构发挥更大的作用。 我国的科技体制改革从1985年开始，经过三个阶段、20年的发展，基本实现了科研机构调整、应用开发类研究所向企业转制、院所组织管理模式转变等目标，取得了很大成就。然而，公益性科研机构的改革却滞后于整个科技体制改革的步伐，我国的公益性科研机构仍然存在着机构重复、人员臃肿、条块分割、科技投入不足、科研效率低下等现象，严重阻碍了我国公益性研究的开展。因此，在新形势下改革我国的社会公益性科研机构是十分必要和紧迫的。 2000年，国务院办公厅转发了科技部等12个部委《关于深化科研机构管理体制改革的实施意见》，提出了我国社会公益类科研院所改革总的思路：应该面向市场的坚决向企业化转制，确需政府支持的按非营利机构管理和运行，加大支持力度。从而确定了基于非营利组织模式的我国公益性科研机构改革方向。 非营利组织是独立于政府和企业的“第三部门”，具有组织性、民间性、非营利性、自治性和志愿性五个主要特征。非营利组织在西方发达国家已有百年的发展历史，形成了完备的法律法规和科学的组织架构。经济学认为由于存在因信息不对称导致的“契约失灵”从而促进了非营利组织的产生与发展，公共管理学认为非营利组织是为了弥补“政府失灵”、“市场失灵”，是现代社会发展的必然趋势。 笔者在深入分析国外非营利组织发展经验的基础上，结合我国国情，提出了我国公益性科研机构向非营利组织发展的五点建议：（1）根据国家长远的科技发展规划，打破部门分治，从创建国家创新体系的高度宏观配置科研资源。（2）制定《科研组织法》、《科技人员法》以及与非营利组织机构发展息息相关的产权政策、劳动保障政策、人事财务管理制度等，以完善非营利机构发展的法律环境，从根本上保护非营利科研机构的发展。（3）成立国家科技发展咨询委员会，统筹科研体系建设和科技投入；建立财务部门、税务部门、法院分工合作职责明确的监督机制，为非营利组织的发展建立和维护一个公平的市场竞争环境。（4）建议对非营利组织的理事会组成增加法律人员，并明确义务工作的要求。（5）对于非营利科研机构人才的激励和凝聚，提出应在保证科研人员平均收入水平与市场可比的前提下，通过任务加成果的综合考核机制形成激励，通过加强科研自由度、提供优良的研发环境、提高社会地位来吸引人才。 我国目前正处于计划经济向市场经济体制转变的过程，面临着政府职能转变和市场秩序建立等重大问题，非营利组织在国内的发展历史较短，相关法律法规尚不健全，运行模式有待探索，社会定位不断变化。尽管如此，可以预见的是，从公益性科研机构向非营利组织转变，我国非营利组织蓬勃发展成为独立于政府和企业的第三部门，这都是不可逆转的潮流。