茶树起源于中国,是多年生的重要经济作物。茶树在我国地理分布广阔,易适应不同的生态环境,通过自然和人工杂交,这些特性形成了我国极其丰富的茶树种质资源。本研究应用EST-SSR和ISSR标记技术对云南茶树资源进行了研究,旨在为云南茶树资源的分类、鉴别、育种和资源保护等提供强有力理论依据。主要研究结果如下:1、利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析,结果表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽,而野生资源与地方品种间的多态性差异不明显。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生4.23个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有8.8个;遗传多态性信息含量平均达0.501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0.413和0.597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。主成分分析结果表明,前3个主成分可以解释合计占总量27.9%的变异。聚类结果和主成分分析说明资源亲缘关系的复杂性。平均遗传多态性信息含量和遗传相似系数分析表明地方品种群体和野生资源群体内资源都具有丰富遗传多样性,但野生资源群体与地方品种群体间的多态性差异不明显。2、比较了EST-SSR和ISSR标记在茶树遗传多样性上适用性,分析表明二种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,其结果一致性较好,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率。12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.9%,平均多态信息量(PIC)为0.318。30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499。二种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较, ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率。ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别是0.709和0.734,二者接近。聚类分析表明二者有一定差异。遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明二种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,p﹤0.01)。因此,二种标记均可适用于茶树遗传多样性分析。3、应用ISSR标记对云南茶树资源遗传多样性进行了分析,结果表明云南茶树资源遗传多样性高,遗传基础较广;聚类将资源分为3组,与主成分分析结果一致;不同群体间的遗传多样性存在差异。18个ISSR引物共扩增出475条谱带,多态性谱带比率为98.9%。134个资源间的平均遗传距离和遗传相似系数分别为0.465和0.512,高于其它地区的相关研究结果,说明茶树资源间的遗传距离较大和遗传多样性较高,云南茶树资源的遗传基础较广。UPGMA聚类可将资源分为3大组,聚类结果与地理距离没有明显的相关性。系统聚类与主成分分析的结果基本一致,但是主成分分析更加直观清晰地显示各个材料间的亲缘关系。大厂茶等8个群体间的遗传相似系数变异范围为0.850～0.987,平均遗传相似系数为0.92,表明不同群体间的遗传多样性存在差异。4、构建了134份云南茶树资源的ISSR指纹图谱。应用ISSR标记对134份云南茶树资源进行了分子鉴别研究。有3种独立的方法可以用于茶树种质资源的分子鉴别:特殊标记、特异的谱带类型和不同引物的谱带类型组合。UBC807等12个引物扩增的10个特异标记的存在和15个特异标记的缺失,可以鉴别134份资源中的21份,而引物UBC811扩增的54种谱带类型可以鉴别其中35份资源。利用最少数量引物获得最大鉴别能力,对种质资源的分子鉴别尤为重要。UBC811、UBC835、ISSR2、ISSR3等4个引物带型的组合可以鉴别所有的134份茶树资源,通过将标记数字化处理,获得了134份云南茶树资源的DNA指纹图谱。5、应用ISSR标记技术对云南大理茶与福鼎大白茶F1代组培苗进行了亲子鉴定,建立了杂交杂种真实性的鉴定技术。15个随机引物在3个杂交后代(1F1、2F1、3F1)中扩增的ISSR谱带数占双亲中检出的谱带数的96%以上;卡平方检验表明3个子代扩增出的谱带数与亲本中各对应位点所显示的谱带数之间没有显著差异;聚类结果与相似系数清楚地显示了材料间的亲缘关系。ISSR鉴定结果证实了杂种的真实性。