随着一系列财务舞弊丑闻及使市场损失惨重的次贷危机等事件的发生,广大投资者对证券市场失去了信心,随之投资者保护,尤其是中小股东权益保护问题引起越来越广泛重视。而随着国内外学术界深入研究发现,上市公司中小股东权益频受侵害与其内部控制失效存在密切联系。在内部控制体系建设不断深入的同时,内部控制质量经济后果的研究也倍受关注。基于内部控制与中小股东权益保护之间紧密的联系,同时响应党的十八大大力发展混合所有制经济,推动混合所有制企业健康良好发展的大力号召,为了健全完善混合所有制企业的内控体系以及解决其中小股东权益频受侵害的问题,本文探究了混合所有制企业内部控制的中小股东权益保护作用。本文以2012-2015年符合混合所有制企业定义的上市公司为研究样本,运用委托代理等相关理论和文献研究、文本分析、统计分析、分析归纳的研究方法,同时结合中国目前的制度背景,通过实证研究得出以下成果:1.根据委托代理理论等三个相关理论,并基于上市公司中小股东频受侵害的四个主要途径,剖析了内部控制五大要素对于中小股东权益保护的作用机制,并以此建立了内部控制分别与关联担保、关联交易、代理成本、资金占用四个方面的多元回归模型,结合现有研究通过选取最有代表性的变量说明中小股东权益受保护程度,较好地反映出内部控制对中小股东权益保护的作用。2.用实证检验了混合所有制企业中内部控制与衡量中小股东权益保护四方面的关系,并对企业根据持股比例进行分类对比分析。3.结合目前中国的制度背景,根据理论与实证分析结果,从实际出发提出相应的政策建议。本文的创新之处在于基于内控五大要素的新视角,并综合考虑了最能影响中小股东权益保护的四大方面指标,探究了混合所有制企业内部控制的中小股东权益保护作用,并将企业按国有股份比例进行分类,进行对比分析。本文研究表明,混合所有制企业中,高质量的内部控制有利于降低关联担保规模、关联交易规模以及代理成本,进而起到保护中小股东权益的作用,尤其是对于国有绝对控股上市公司,其内部控制发挥的积极作用较国有参股上市公司更为显著,然而在资金占用方面的作用还有待研究与改进。因此,健全完善混合所有制企业内部控制体系,有利于为企业吸引更多的投资者,为提高企业的经营效率和效果注入更强劲的动力,从而在良好的政策环境下,实现长足发展。