JAK2蛋白是非受体酪氨酸激酶Janus激酶家族的关键成员,它能通过信号通路JAK2-STAT3/STAT5来实现对不同细胞生理过程的调控。由于JAK2蛋白的变异(V617F)与多种髓性疾病的发病机制相关,故发现JAK2蛋白抑制剂在治疗相关疾病中的重要性尤为显著。在本文中,我们采用了一种新计算方法丙氨酸扫描-相互作用熵(AS-IE)来定量评估蛋白质-配体体系中残基特异性结合自由能(包括焓贡献和熵贡献),以此预测对JAK2蛋白与配体结合体系稳定性起主要作用的氨基酸。根据热点氨基酸能对现有小分子抑制剂进行一定优化或者设计新的结合力更强的化合物。该方法不仅可以对特异性残基-配体结合强度进行定量分析,也能更精确的评估蛋白质-配体总结合自由能。在本文中,我们选取了14个JAK2蛋白-配体结合系统(全部具有晶体结构及结合数据),通过AS-IE来评估蛋白-配体结合位点附近的各个氨基酸对总结合自由能的贡献,数个残基被预测其对复合体系稳定性的贡献高于其他残基。根据对特异性残基与小分子结合强度的评估得到蛋白-配体总结合自由能。与应用MM/GBSA方法获得的数据相比,用AS-IE方法计算的JAK2-配体总结合自由能与实验测量的数据符合更好。基于AS-IE在JAK2蛋白-配体小分子结合能预测中的准确性,我们利用SPECS小分子数据库针对JAK2蛋白为靶向蛋白质做了筛选,对打分排在前面的小分子做了AS-IE计算,并对对接得到的蛋白-配体结构中各特异性残基与相应小分子的结合强度及总结合自由能进行了分析,以期给今后JAK2蛋白新抑制剂的研发提供参考。