条石鲷是我国重要的海水养殖鱼类，主要分布在黄海、东海和台湾海峡。因其具有较高的商业价值和观赏价值，条石鲷的人工养殖在近几年发展迅速。为了条石鲷养殖业的可持续发展以及保护野生资源的需要，本文从分子育种的实际需求出发，主要在以下三个方面展开研究：1.开发多态微卫星标记；2.筛选性别连锁的微卫星标记，建立遗传性别鉴定方法；3.分析AFLP标记在亲代及子代家系的遗传规律，旨在为构建高密度遗传连锁图谱奠定基础。主要研究结果如下：1.多态微卫星标记开发采用FIASCO方法构建了1个SSR富集文库：(CA)10从中挑取100个单克隆进行PCR鉴定，有70个是阳性克隆，阳性率是70%。挑取60个克隆进行测序，测序结果获得49条序列含有微卫星，阳性序列比例为81.7%，对这60条序列进行自身比对，网上BLAST比对后，成功设计了17对引物，最终获得了了15对多态性微卫星引物。等位基因数从4到9之间。位点的观测杂合度(Ho)处于0.267~0.767之间，平均为0.516；位点的期望杂合度(He)0.395~0.859，平均为0.724。11个微卫星位点符合Hardy-Weinberg平衡。15个位点均不存在连锁不平衡现象。2.性别连锁微卫星标记的筛选筛选到条石鲷性别连锁的微卫星标记，发现了雄性特异的等位基因，并针对该等位基因设计了特异引物，建立了基于微卫星技术的条石鲷遗传鉴别方法。此方法具有准确、灵敏、可靠等优点，不仅对鱼类性别决定机制研究具有重要科学价值，而且对鱼类性别控制和选择育种具有重要的意义和应用价值。3.AFLP标记在亲代及子代家系的遗传规律分析采用14对AFLP选择性引物在条石鲷家系中共扩增出528个位点，其中多态位点227个，多态比例为42.9%。在227个分离的位点中，符合孟德尔遗传规律的位点共138个。偏分离的位点89个。分离比为3:1的位点共有118个，占分离位点数的52.9%。分离比为1:1的位点109个，占分离位点数的48.0%，14对引物检测到有效等位个数在1.1146~1.4326之间；Shannon多样性指数在0.1393~0.1919之间；Nei’s基因多样性指数0.0836~0.1116之间。本研究结果为条石鲷遗传图谱的构建和分子标记辅助育种奠定基础。