《刑法修正案(八)》将重大环境污染事故罪修改为污染环境罪,2013年司法解释明确了该罪的入罪标准和加重情节,出台了一系列定罪量刑的新规定,降低了该罪的入罪门槛,近年来环境污染案件呈上升之势,针对鉴定难、取证难、环境监管失职及想象竞合等问题,2016年11月两高出台《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》,针对现阶段环境污染的新情况,对2013年解释进一步的细化删减整合,进一步加大对于环境污染犯罪的打击力度。但是污染环境罪作为一个新罪,其立法设置仍不完备,司法适用也尚存缺陷。基于此,本文以刑法规定为基础,以最新司法解释为视角,以各学派观点为参考,共分为五部分进行研究和论述:第一部分是全文研究的基础与背景,着重概述了污染环境罪的立法背景,并在第二节以逻辑分类的方式简要评析最新司法解释的内容及意义,按照逻辑分为四类,包括有毒物质的范围认定、入罪标准和加重情节、酌定情节与想象竞合、证据的适用范围。第二部分论述了污染环境罪的司法认定和刑罚适用,主要以最新司法解释为视角,介绍该罪修改后的主观罪过形态界定、客观既遂形态认定及在刑罚适用方面的具体规定。第三部分论述了在司法适用中污染环境罪存在的问题。司法实践中适用污染环境罪存在很多的不足,以《2015年中国“污染环境罪”案件调查报告》统计的数据为切入点,并以盐城水污染案、广西贺江水污染案为例,具体从立案难、罪过形式界定狭窄、客观既遂形态的缺陷、惩罚力度不强等方面进行分析。第四部分针对污染环境罪在司法适用中存在的问题提出完善建议,第一,严格把控司法程序,规范环境损害司法鉴定程序,合理设置污染环境罪因果关系论证,加强监管。第二,完善主观罪过形式,区分故意与过失,引入主观过错的严格责任原则。第三、污染环境罪设置危险犯。第四、规范污染环境罪刑罚适用,采取多元化处罚方式,加大刑罚处罚力度,严格把控二审改判程序,加大单位犯罪的刑罚处罚力度。使得刑法对环境犯罪的介入提前到事前阶段,进一步加大对生态环境的司法保护力度。