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小麦是对人类最重要的三大谷物作物之一，也是种植最广泛的粮食作物。传统小麦育种方法需要通过多代自交选择，并且依赖育种家的经验对表型进行选择。分子标记技术和遗传图谱是一种有效工具，可以加深我们对简单以及复杂性状基因的理解和随后的操作，为育种家提供了新辅助手段。借助连锁的标记可以辅助组装优异基因/QTL区段，快速形成农艺性状优异的基因型，使得快速培育新品种和改良目的性状成为可能。小麦土传花叶病（Soil-bornewheatmosaic，SBWM）最早于1919年在美国发现，现在已经在阿根廷、巴西、中国、埃及、法国、意大利以及日本等许多国家发生过。SBWM是少数能够完全摧毁冬小麦感病品种的病害之一。培育和种植抗病或耐病品种，是有效且环境友好的防治办法。目前对软红麦抗病品种或种质资源开展的研究还很少。本研究利用高通量的DArT和SNP标记构建遗传连锁图谱，对两个软红麦抗病品种Pioneer26R61和AGS2020进行SBWM抗性的QTL作图，并验证连锁标记在分子标记辅助选择工作中的应用价值。本研究获得以下主要结果：（1）利用高通量DArT和SSR等标记和包含178个重组自交系的Pioneer26R61/AGS2000群体构建了一个全基因组图谱，并用SNP标记对该图谱进行加密，包含2734个标记，分布在小麦全部21条染色体上，总长度为2153.7cM，平均区间长度为0.79cM，该图谱用来对Pioneer26R61中的SBWM抗性进行全基因组QTL扫描。本图谱中还定位了471个原来没有定位信息的DArT和SSR标记。还利用DArT标记对川35050/山农483全基因组图谱进行加密，新图比加密前的图谱增加了338个标记，平均区间长度由14.7cM缩短到7.15cM，此图用于辅助实验室进行的营养利用效率的QTL分析。另外用SSR等PCR标记构建了AGS2020/LA95135群体的5D染色体图谱，包含19个标记，总长度为207.8cM，此图用于对AGS2020中的SBWM抗性QTL进行检测。（2）在Pioneer26R61和AGS2020两个软红麦品种中，都检测到一个主效QTL，QSbm.uga-5DL，这个QTL可以在所有环境下检测到，位于5DL末端的重组热点区内，并且都同标记Xbarc161和Xbarc177紧密连锁。在两个RIL群体中，该主效QTL分别可以解释最高达62%和65%的表型遗传变异。另外Pioneer26R61/AGS2000群体中还检测到6个微效QTL，分别位于1BL、2BS、3BL、5A和5BL上。（3）用连锁标记Xbarc161和Xbarc177检测147份小麦品种或区试品系的检测，在142份材料中标记预测结果和田间SBWM抗性表现非常一致，证明这两个标记非常适于分子标记辅助选择；（4）利用Xbarc161和Xbarc177对育种中的123份高代品系（种）进行了SBWM抗性的分子标记辅助选择和推断，112份材料显示阳性结果。另外在177份中国黄淮麦区的小麦品种（系）中发现8个材料含有Xbarc161和Xbarc177的抗病材料特异位点。