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研究目的对2019年我国湖北省腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)流行株进行基因特征分析,研究探讨其分子变异变迁规律,为我国流行性腮腺炎的监测与防控以及疫苗研制提供基线数据。研究方法使用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction,Real-time RT-PCR)对2019年湖北省送检的8株流腮病例样本进行检测,对检测结果为MuV核酸阳性的样本进行病毒分离。通过逆转录聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)方法扩增 MuV基因分型靶基因(SH 基因)及全基因组序列并进行序列测定。从GenBank数据库下载MuV SH靶基因及全基因组的代表序列。使用Sequencer 5.0、MEGA 5.05等生物信息学软件进行序列整理、比对、亲缘性关系和进化分析。研究结果(1)经实时荧光定量RT-PCR检测,2019年湖北省送检的8株流腮病例样本均为MuV核酸阳性。(2)8株MuV样本中有7株成功获得SH靶基因序列(除MuV030外),SH靶基因型别鉴定结果显示:1株属于我国本土优势流行基因型-F基因型,6株属于在我国部分地区局部流行的G基因型。(3)在SH靶基因,本研究MuV097与疫苗株Jeryl-Lynn株间的核苷酸差异为15.2%,有14个氨基酸位点变异;我国F基因型MuV流行株在时间和空间分布上未发现有明显趋势。(4)本研究的6株G基因型MuV与2011～2013年我国辽宁省、福建省和江苏省流行的G基因型MuV位于同一进化分支Lineage1,而2011年陕西省G基因型MuV位于另一进化分支Lineage2。本研究6株G基因型MuV样本在SH靶基因的特异性氨基酸位点变异为T28L。(5)对本研究8株MuV样本进行病毒分离,有2株样本(MuV012和MuV097)病毒分离成功,并获得全基因组序列。(6)本研究的2株MuV样本(MuV012和MuV097)基于全基因组序列与各蛋白构建的基因亲缘性关系树拓扑结构一致;基于MuV全基因组和各蛋白遗传距离分析显示:在MuV编码的七个蛋白中SH蛋白变异最大;N蛋白变异最小,比较保守。(7)与疫苗株相比,本研究2株样本(MuV012和MuV097)缺失3个N-糖基化位点分别位于 P 蛋白 258(NISN)、HN 蛋白 127(NCST)和 L 蛋白 1727(NLSS);MuV097 在HN蛋白增加1个糖基化位点464(NCSG),MuV012增加2个糖基化位点HN蛋白464(NCSG)、L 蛋白 1729(NSSE)。研究结论(1)继2011～2016年在辽宁省、福建省、陕西省、江苏省和北京市局部流行,2019年在我国湖北省再次检测到G基因型MuV的流行;(2)MuV全基因组分析验证了 SH蛋白高度变异,及其作为MuV标准分子分型的靶基因;(3)本研究对MuV SH靶基因和全基因组的基因特征分析和变异变迁规律进行阐述,为我国MuV的防控和疫苗的研制提供基线数据。图[15]表[10]参[63]