细菌性痢疾是威胁我国人民健康的主要传染病。目前针对细菌性痢疾缺乏有效的防治手段，主要因为疫苗的保护效果不尽理想(保护率大约为50％左右)，且临床上分离的痢疾杆菌中多数具有不同程度的耐药性。大量的流行病学统计资料表明，在我国流行的痢疾杆菌优势株为痢疾杆菌福氏2a301株。本论文在国际上率先开展痢疾杆菌福氏2a 301株的基因组学研究无疑将为其致病机制、毒力进化、及疫苗研制和开发新药等方面的研究提供极其有用的线索和遗传背景资料。 本论文所进行的有关痢疾杆菌福氏2a 301株基因组学研究的内容主要从三个部分进行：第一部分：利用改进的“鸟枪法”建立痢疾杆菌福氏2a 301株的全基因组文库，并完成其全基因组序列测定；第二部分：以与痢疾杆菌福氏2a 301株亲缘关系较近的非致病性大肠杆菌K-12 MG1655株基因组序列为参照，对福氏2a痢疾杆菌基因组进行比较，重点集中在痢疾杆菌福氏2a301株基因组所缺失的片段，及片段所含ORF的功能进行分类和分析；第三部分：痢疾杆菌福氏2a 301株编码的具有膜样结构的未知蛋白的预测与其表达情况的生物芯片分析。 通过痢疾杆菌福氏2a基因组结构相关研究，能够使我们从细菌完整基因组出发认识该菌，最终达到预防和治疗细菌性痢疾的目地。