土地作为农业发展最原始的生产资料,其利用效率直接关系我国农业现代化的实现程度。随着新型城镇化的发展,我国土地流转速度加快。到2016年,我国土地流转面积达到4.7亿亩,占家庭承包面积的35.1%,其中流入企业的面积达到4638万亩,约占土地流转面积的9.9%。在土地承包经营权流入企业的各种形式中,有限责任公司的“资合性”“营利性”与土地承包经营权的“财产性”相契合,其“人合性”符合农民股东自治的需求,这就使得有限责任公司成为土地承包经营权入股形式的较优选择。土地承包经营权入股有限责任公司虽然在九十年代初就被应用于实践,但由于缺乏明确的法律依据,理论界对其正当性一直存在争议,认为《农村土地承包法》所规定的土地承包经营权入股,仅指承包人之间将土地承包经营权入股进行农业合作生产,而不包括将土地承包经营权量化为股份投入公司。而且,在土地承包经营权入股有限公司的具体实践中,也出现了许多与现行法律规则相冲突之处,迫切需要修改,使之加以协调。本文共分三部分:第一部分是土地承包经营权入股有限责任公司的正当性。该部分从三个方面分析了土地承包经营权入股有限责任公司的正当性。法律方面,认为现行法律,主要指相关物权法和公司法,并未禁止以土地承包经营权出资入股公司。政策方面,入股公司作为土地承包经营权新的流转方式,得到中央政策和地方政策的双重支持。实践方面,在中央政策出台前,土地承包经营权入股有限责任公司在某些地方就已付诸实践,中央政策出台后,实践范围不断扩大,并形成了几种主要模式。第二部分是土地承包经营权入股有限责任公司的法律困境。该部分分析了土地承包经营权入股有限责任公司在物权法律规则、公司法律规则、破产法律规则以及其他相关法律规则上所存在的困境。物权法律规则困境包括土地承包经营权期限规则冲突、土地承包经营权抵押规则矛盾、土地承包经营权转让规则抵触。公司法律规则困境表现为公司股东人数规则冲突、公司经营范围规则矛盾、公司利润分配规则抵触、公司回购股权规则冲突。破产法律规则困境可以概括为破产时农民股东面临失去土地的风险。其他相关法律规则困境是指土地评估法律规则缺失、农村社会保障法律规则不健全。第三部分是土地承包经营权入股有限责任公司法律困境之破解。该部分首先确定了土地承包经营权入股有限责任公司所要遵守的基本原则,其次提出了具体的法律规则完善措施。物权法律规则方面,延长土地的承包期,允许土地承包经营权抵押等。公司法律规则方面,采取委托持股或信托持股,确定农民股东优先股性质,合理构建公司回购制度。破产法律规则方面,构建司法性和非司法性相结合的多元化破产预防体系。其他配套性法律规则方面,建立科学的土地承包经营权价格评估体系,完善我国农村社会保障法律。