【摘 要】
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组蛋白翻译后修饰在调控基因表达和调节染色质状态中起着关键作用,提升了它在生理、病理状态的研究价值。随着组蛋白修饰的数据增长,本研究研究更新了人类组蛋白数据库（HHMD）。本研究开发了HHMD version 2.0,数据库从文献中手工搜集人类9种癌症状态的17种组蛋白修饰调控基因的833条关系信息,还包括基于ChIP-seq技术检测的组蛋白修饰57种,正常和疾病组织/细胞样本数分别达到了207个和
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组蛋白翻译后修饰在调控基因表达和调节染色质状态中起着关键作用,提升了它在生理、病理状态的研究价值。随着组蛋白修饰的数据增长,本研究研究更新了人类组蛋白数据库（HHMD）。本研究开发了HHMD version 2.0,数据库从文献中手工搜集人类9种癌症状态的17种组蛋白修饰调控基因的833条关系信息,还包括基于ChIP-seq技术检测的组蛋白修饰57种,正常和疾病组织/细胞样本数分别达到了207个和351个（疾病组织23,细胞系328）。同时包括123套（疾病50/正常73）Hi-C数据和96套ATAC-seq测序数据。同时整合了药物、转录因子和靶基因互作信息。针对ChIP-seq、Hi-C、ATAC-seq测序获得地数据通过统一规范化分析流程进行处理,进而确定确定了每种组蛋白修饰信息、染色质互作信息以及染色质开放状态信息。为了提供深入探讨组蛋白修饰在疾病中的驱动作用,HHMD version 2.0针对25种疾病筛选出差异组蛋白修饰的特征。基于以上获得数据数据,本研究研究分别绘制了组蛋白修饰-基因-疾病/细胞系/正常组织的网络,直观展示了组蛋白修饰与样本类型的关系。针对疾病组织/细胞系中确定的组蛋白修饰特征,结合药物靶点数据库,也构建了组蛋白修饰-基因靶点网络。同时通过整合Hi-C、ATAC-seq数据,增加了组蛋白修饰区域染色质开放状态和互作信息。此外,为了便于分析组蛋白修饰的调控功能,HHMD v 2.0提供了基因组可视化功能,综合展示组蛋白修饰、转录因子靶基因、超级增强子、Cp G岛、基因突变。总之,HHMD version2.0是一个人类组蛋白修饰的全面景观,用于揭示组蛋白修饰的调控功能及疾病治疗靶点研究。
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