中高温大曲是浓香型白酒发酵过程中的糖化发酵剂,为浓香型白酒生产提供重要的微生物、酶及风味物质。目前对大曲微生物的研究日益深入,但其独特的结构赋予的大曲不同部位微生物群落多样性及其影响因素的研究还较为缺乏。本研究对曲皮、曲心的理化指标进行检测,采用高通量测序技术研究大曲发酵过程中曲皮、曲心微生物群落结构及差异,采用顶空固相微萃取-气质联用技术和高效液相色谱技术对挥发性风味物质和有机酸进行测定,确定曲皮、曲心微生物群落的显著差异微生物及风味化合物;通过微生物共现网络分析和微生物与理化因子的相关性分析确定与曲皮、曲心微生物群落结构差异高度相关的微生物类群和理化因子;通过微生物与风味物质的相关性和微生物群落功能预测,确定曲皮、曲心微生物群落代谢差异相关的微生物和功能基因。主要结论如下:1、大曲发酵过程中,曲皮、曲心微生物群落主要优势菌一致,为Thermoactinomyces、Weissella、Pseudomonas、Bacillus、Thermoascus和Rhizopus。基于微生物群落聚类分析情况将大曲发酵过程分为两个阶段:第I阶段（第1～4天）,第II阶段（第5～29天）。通过LEf Se分析,第I阶段,Rhizopus、Mucor的相对丰度在曲皮中显著更高;第II阶段,Lactobacillus、Pediococcus、Weissella、Wickerhamomyces、Pichia、unclassified Saccharomycetales、Rhizopus、Rhizomucor、Mucor的相对丰度在曲皮中显著更高,Pseudomonas、Thermoascus的相对丰度在曲心中显著更高（P＜0.05）。微生物群落共现性网络揭示了Betaproteobacteriales和Bacillales具有连接网络模块的功能,曲皮中Rhizopus和Thermoascus间具有强互斥关系。Rhizopus、Lactobacillus、Betaproteobacteriales和Bacillales可能是影响曲皮、曲心微生物群落组成和差异的关键物种。理化因子与曲皮、曲心微生物群落的Mantel test分析表明酸度与嗜热菌具有强负相关关系;酸度、p H值是影响曲皮微生物群落的重要理化因子,而酸度、p H值、乳酸、乙酸、温度是影响曲心微生物群落的重要理化因子。2、通过正交偏最小二乘法判别分析,第I阶段曲皮、曲心间没有显著差异代谢物;第II阶段曲皮、曲心间差异代谢物质为肉豆蔻酸乙酯、十八烯酸乙酯、十六酸乙酯、乙酸乙酯、9-十六碳烯酸乙酯、十八酸乙酯、十五酸乙酯、月桂酸乙酯、十七酸乙酯、癸酸乙酯、2,3-丁二醇、正戊醇、1-石竹烯,且在曲皮中含量显著更高。曲心中Thermomyces、Kroppenstedtia、Bacillus、Thermoactinomyces与风味化合物的显著相关性最多,曲皮中Thermomyces、Rhizomucor、Acinetobacter、Pseudomonas与风味代谢物的显著相关性最多;且嗜热菌与有机酸普遍存在负相关关系。曲皮、曲心细菌群落的功能预测表明,曲皮、曲心发酵第I阶段与糖和有机酸代谢相关的功能基因没有显著差异;发酵第II阶段,曲皮中的糖和有机酸代谢潜力高于曲心。嗜热菌的差异分布、乙酸和乳酸合成代谢差异可能是曲皮、曲心微生物代谢差异的重要原因。