运输企业发生交通事故的行政法适用问题是当前社会各界不可回避的问题。人们一般认为,运输企业发生了交通事故,应当由交通管理部门适用《道路交通安全法》及其配套行政法规进行处理。持有这种观点的人忽略了运输企业身份的特殊性,运输企业作为生产经营单位,在生产经营活动中既要遵守《道路交通安全法》也要遵守《安全生产法》,运输企业发生了交通事故,既可能违反了《道路交通安全法》也可能违反了《安全生产法》。本文认为,运输企业发生交通事故,事故本身是由交通管理部门适用《道路交通安全法》及其配套行政法规进行处理,有违反《安全生产法》规定情形的,由安监部门适用《安全生产法》及其配套行政法规进行处理,两法的适用不会产生冲突。运输企业未对从业人员进行安全生产教育和培训,与发生交通事故不具有关联性,安监部门应当适用《安全生产法》第九十四条第一款对其实施行政处罚。运输企业发生生产安全事故,且对事故发生负有责任,违法行为与事故发生之间有直接或间接因果联系的,安监部门可以适用《安全生产法》第一百零九条对其实施行政处罚。