伴随市场化、城市化及区域经济一体化的发展,大量跨域区域的公共问题开始出现,并呈现不断蔓延的态势。区域公共问题特有的“无界化”和“外溢化”决定了仅靠单个地方政府难以解决,必须要实现地方政府的合作治理。然而,政府合作治理制度的缺失,导致政府合作治理的失灵。基于此,本文提出了“区域公共事务治理中政府合作制度研究”这一论题。通过深入阐述政府合作的制度缺陷,进而构建较为完整、规范的制度体系,能够为区域公共事务合作治理提供制度保障,以此提供区域公共事务的治理之道。笔者认为,国外的理论和实践经验对我国治理区域公共事务具有很好的借鉴意义,但是不能生搬硬套,必须实事求是,结合具体情况,因地制宜,提出合理的制度安排。结合目前我国的实际和发达国家治理地方政府间关系的经验,笔者立足制度分析的理论框架,按照制度现状分析——治理机理构建——制度健全完善的论证逻辑,详细探析我国区域公共事务治理中政府合作制度。本文主要从我国区域公共事务治理中政府合作的现状及问题出发,运用制度分析的理论框架,从行政生态、制度制定、制度执行及制度保障四个方面,系统分析地方政府合作治理的制度现状。在此基础上,结合府际管理理论及协同理论,从合作动力、合作运行和合作保障三方面提出区域公共事务治理中政府合作的机理。最后,从制度环境、制度安排、制度设计三个角度,提出了一整套健全和完善政府合作治理的制度体系。