到目前为止，村民自治在我国已实践了二十多年，虽然取得了一定的发展和成效，但作为我国独创的民主形式，它仍要在前进的道路中不断探索和完善。特别是进入后农业税时代以后，村民自治面临着新的问题和挑战，诸如农业税费改革对村民自治有何影响，村民自治及农村基层政权对农业税费改革有什么反应，如何防止陷入“黄宗羲定律”怪圈等等。本文针对以上问题，运用理论研究与实证分析、静态分析与动态分析相结合等研究方法，从乡镇政府与村民委员会关系、村“两委”关系以及村“两委”与村民关系等三方面入手，系统地分析了农业税费改革对村民自治的影响，认为农业税费改革将有利于减弱村民委员会的“行政化”、理顺村“两委”与群众的关系、缓解村“两委”矛盾、促进村“两委”的组织建设，同时也为村民自治带来了一系列问题，如财政问题、税费尾欠问题等，最后提出应从基层政权改革、干群关系、两委关系以及农村集体经济等四个方面来推进后农业税时代的村民自治。特别是在农村集体经济组织的改革上，本文提出了管理公司化的构想。