我国高校的扩招导致高等教育经费存在巨大缺口。在我国的经济发展阶段、政府财政能力以及居民个人支付能力的约束下，提高高等教育自身的运行效率是缓解高等教育经费不足，进而实现高等教育健康发展的必由之路。 政府的拨款方式如何影响高等教育效率？学费和其他经费来源所占比例对高校效率有没有作用？本文从高等教育经费来源的角度探讨影响高等学校效率的原因，利用随机前沿方法对中国高等教育的成本效率进行实证研究，使用2006至2007年教育部直属74所高校的财务数据，构建了高等教育的成本前沿函数，在此基础之上计算得到了高校的“不效率”，并从经费来源结构的角度探讨了影响高等学校成本效率的因素。 本文得出的主要结论可以概括如下：首先，二次成本前沿函数很好地描述了高校的总成本行为。除了教学和科研等产出会影响高校总成本外，时间、地区、学校类型、生师比等都显著影响高校总成本的因素。第二，从高校经费来源比例的角度静态地考察其对高校成本效率的影响时，政府财政拨款所占比例和学费收入所占比例都对高校成本效率有显著影响。从经费各具体来源比例的角度看，一般教育经费拨款所占比例和学费收入所占比例大体上对高校成本效率有正向的影响，而专项教育经费拨款所占比例和科研经费拨款所占比例大体上对高校成本效率有负向的影响。在具体到不同类型的高校时，上述各种影响还有所不同。 本文的研究表明，从高校的角度来看，学科多元化、班级规模的扩大以及教学科研水平的提高等都能促进高校成本的节约。从政府的角度来看，促进高校成本效率的提高应注意三个方面的策略：规则透明、引入竞争、区别对待。政府拨款数量的变化并不是改善高校成本效率的有力手段，促进高校改善成本效率的关键在于拨款的过程中要规则透明，对高校的运行要形成明确的引导作用，因此应当“规则透明”。学费通过其内含的竞争因素促进了某些高校成本效率的提高，所以政府通过适当地引入竞争有助于促进高校成本效率的改善，即“引入竞争”。政府在宏观政策上应针对不同类型高校使用不同的激励策略，这样才能有助于促进不同类型高校成本效率的提高，这就是“区别对待”。