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东北林区是我国最大的天然林区,红松、黄檗、胡桃楸均为该林区重要的珍贵树种,其分布区亦以东北林区为主,但它们的遗传多样性家底不清,严重影响了种质资源科学保护策略的制定。本文应用SSR技术对东北林区大尺度范围内81个群体的红松、17个群体的黄檗和30个群体的胡桃楸遗传多样性本底开展了研究,意在揭示它们的遗传多样性水平,为其种质资源的合理利用和有效保护提供基础数据和理论依据。主要研究结果如下：1.通过磁珠富集法分别开发了红松、黄檗、胡桃楸多态性较好的SSR引物13、15、20对。2.应用上述引物,对东北林区范围内采集的红松、黄檗、胡桃楸样品分别进行了遗传多样性分析,结果表明：红松Nei多样性指数(H)平均值为0.2622,Shannon多样性指数(Ⅰ)平均值为0.5369,说明该地红松具有较高水平的遗传多样性；黄檗Nei多样性指数(H)平均值为0.1531,Shannon多样性指数(Ⅰ)平均值为0.4159；胡桃楸Nei多样性指数(H)平均值为0.1774,Shannon多样性指数(Ⅰ)平均值0.5017。3.红松种群间遗传分化系数0.3785,即种群间的遗传变异占总变异的37.85%,说明东北地区红松的遗传变异主要存在于种群内,种群间的基因流Nm为1.24,表明红松种群间存在一定程度的基因交流但不是很高；黄檗种群间的遗传分化指数为0.1311,种群间存在一定程度的遗传分化,即种群间的遗传变异占总变异的13.11%,Nm=1.5836；胡桃楸种群间的遗传分化指数为0.1039,即种群间的遗传变异占总变异的10.39%。4.对采集的81个红松群体、17个黄檗群体和30个胡桃楸群体的遗传多样性进行了研究,发现在张广才岭和小兴安岭地区分布的红松、黄檗、胡桃楸的遗传多样水平均高于其他地区,推测原因可能是当第四冰期来临时在小兴安岭和张广才岭形成了我国天然红松、黄檗、胡桃楸的避难所。依据对红松、黄檗、胡桃楸的遗传多样的研究和基于DIVA-GIS作图,提出了相应的种质资源保护策略。