中国的农村集体经济组织在《民法总则》中获得了法人身份，与基层群众性自治组织法人、城镇农村的合作经济组织法人、机关法人共同隶属于特别法人类型。此次身份确认，虽然结束了其在过去几十年法律主体地位不明的混沌局面，但是并没有为如何对其进行治理提供详细具体的指引。眼下农村集体经济组织的治理现状问题累累，而《农村集体经济组织法》的制定出台困难重重。恰又时值农村的集体产权改革全速推进之际，构建集体经济组织的治理方案，已成为打通集体改革最后一公里迫切需要跨越的障碍。正因如此，本文立足于农村集体经济组织的特别法人地位，对其治理过程中暴露之问题作丝分缕解，指出其背后盘虬交错之真相，进而提出对农村集体经济组织特别法人的治理建议。
　　第一部分指出农村集体经济组织特别法人的特殊之处。这是本文研究农村集体经济组织治理的逻辑起点，将决定后文对治理现状的观察角度，影响对治理问题及其原因的分析走向，检验重塑的治理体系是否符合“量身打造”的效果。文章先分而阐述了“农村集体经济组织”、“特别法人”两大概念，梳理了农村集体经济组织的旧历史与新内涵，并解释了特别法人的地位由来，从而明确了本文研究的治理对象。文章再总而介绍“农村集体经济组织特别法人”这一集合概念，讨论其本质属性与职能定位，从而确定了本文研究的治理目标。
　　第二部分是对农村集体经济组织特别法人治理现状的描述。透过对实践现状的审视，可以掌握当前已有的治理基础。就现行立法实践而言，中央层面和地方层面都出台过关于农村集体经济组织的规范性文件。但是，这些规范性文件在整体上杂而无章，在细节处又过于粗糙。就典型实践模式来说，在各地改造新型农村集体经济组织特别法人的过程中，股份合作制是主流选择的组织形式。由于此种组织形式的具体表现多样，本文从中选取了合作制特征明显的宁夏模式和股份制特征明显的东莞模式作为典型代表。通过对比及联系分析，可知所有探索股份合作制的模式，都是围绕“合作”、“股份”两大特征要素的此消彼长而形成了千姿百态。以合作制为主和以股份制为主的组织形式最为普遍，因此农村集体经济组织特别法人治理基础呈现两极化趋势。
　　第三部分与第四部分紧密衔接，通过案例类型化分析，紧扣特别性前提，逐次厘清了农村集体经济组织特别法人在治理中存在的问题、成因以及完善对策。本文总共对76例有效样本进行了分析，总结关涉农村集体经济组织治理的争议点10类。（1）从第1、2、3类争议推导出该特别法人章程流于形式的问题。这是其章程自治程度不明所造成的。所以，需要尽快确定章程的性质与原则，明确自治边界，促成章程的制定。而章程作为治理体系的缩影，完善章程本身也是对治理体系构建的指引。（2）从第4、5、6、7类争议推导出该特别法人存在地位缺乏独立的问题。这是由于农村集体经济组织与村民委员会、农民集体、其他专业合作社等主体时常被混淆。故应当区分这几者关系，还农村集体经济组织特别法人以独立之身。（3）从第8、9类争议推导出该特别法人内部少数控制严重的问题。这归因于其治理结构不科学。所以，应当尽快健全其治理结构，增强其股权设置管理的灵活性。（4）第10类争议表明该特别法人的成员资格难以确定。这体现出农村集体经济组织成员权制度欠缺完善的问题。所以，应当提升其成员权规则操作性，补齐成员权制度的“短板”。
　　总之，中国农村集体经济组织特别法人需要以章程为指引，从地位独立与治理结构来搭建制度框架，从增强股权设置管理模式灵活性和提升成员权规则操作性来优化机制运行。如此，才能建构成符合公平与效率原则的治理体系，为中国农村改革持续、全面发力作出贡献。