类风湿性关节炎（Rheumatoid arthritis,RA）是一种以慢性关节滑膜炎为主要病理特征的复杂自身免疫疾病。迄今为止,RA的发病机制尚未完全明确,但普遍认为,与遗传因素和环境因素均相关。外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear cells,PBMCs）是研究RA病理时常用的靶细胞。流行病学研究显示,RA的发病与口腔和肠道的微生物群的变化有关,但尚未有数据显示RA的发病与PBMCs中微生物群的改变相关,并缺少血液微生物群的变化对RA的致病机理。因此本研究计划从女性老年人群体入手探索RA的血液菌群变化及其对RA的致病机理。根据实验设计,本研究分为两个部分:第一部分,收集中国江苏省苏州市地区RA女性患者和健康对照组的血液样品,并应用16S核糖体DNA高通量测序技术,检测PBMCs中血液微生物组16S核糖体DNA的V3-V4可变区的多样性,从而得出与健康人群相比,RA患者的优势血液菌群和劣势血液菌群,探索出RA的血液微生物变化。第二部分,继续以女性RA患者为研究对象,采用甲基化微珠芯片（Illumina 450K Infinium）和人类基因表达芯片V4.0检测PBMCs中DNA甲基化和mRNA表达水平并采用统计学方法进行分析,从而得出血液菌群通过介导PARP9 mRNA水平而对RA的发生起到因果推断作用。研究目的1探索RA病例组和健康对照组血液微生物组成的差异。2筛选出增加RA发病风险及降低RA发生率的血液微生物类群。3探究血液微生物的改变对RA的致病机理4评估三组学对RA病因的因果推断作用。研究方法本研究以中国江苏省苏州市地区28例RA女性患者、15例女性健康对照为研究对象,收集其基本信息并对其血液样品进行16S核糖体DNA高通量测序,检测PBMCs中血液微生物组16S核糖体DNA的V3-V4可变区的多样性,并采用生物信息学分析血液微生物的α多样性和β多样性,并对微生物进行功能注释。接着以RA女性患者和健康对照组为研究对象,对其血液样品采用甲基化微珠芯片（Illumina 450K Infinium）和人类基因表达芯片（V4.0）检测PBMCs中DNA甲基化和mRNA表达水平。采用多种分析方法（如Wilcoxon秩和检验、Spearman秩相关检验、线性判别分析效应量检验）进行统计分析,分析血液微生物与甲基化变化和mRNA改变的相关性,并通过因果推断测试分析血液微生物通过介导特定基因的mRNA的改变来发挥其致病机理。研究结果1健康对照组中,血液菌群相对丰度最高的四种菌门分别是变形菌门（Proteobacteria,74.1%）、放线菌门（Actinobacteria,17.5%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,6.69%）、栖热菌门（Deinococcus-Thermus,0.74%）;RA 病例组中,血液菌群相对丰度最高的四种菌门分别是变形菌门（Proteobacteria,81.0%）,放线菌门（Actinobacteria,8.91%）,糖化菌门（Candidatus Saccharibacteria,6.05%）,厚壁菌门（Firmicute,1.88%）。2在α多样性上,RA病例组表现出更高的血液菌群多样性,但并无显著性差异;在β多样性上,RA病例组和对照组的血液微生物组间差异大,RA病例组的组内差异更大。3在门水平上,与健康对照组相比,RA病例组拟杆菌门类的细菌数量减少,同时放线菌门（Actinobacteria）、糖化菌门（Candidatus Saccharibacteria）、厚壁菌门（Firmicute）和变形菌门（Proteobacteria）类的细菌数量相对增多。4血液菌群变形菌门中的根瘤菌目（Rhizobiales）、生丝微菌科（Hyphomicrobiaceae）和海根菌属（Pelagibacterium）三个类群与 PBMCs 中PARP9的DNA甲基化位点cg00959259呈现一致的负相关;与mRNA表达水平呈现一致的正相关;5血液菌群变形菌门中的三个类群可通过介导PARP9 mRNA水平而对RA的发生起到作用。研究结论本研究发现同健康对照组相比,与RA相关的血液微生物群的构成发生了显著改变,确定了 RA患者血液中不同细菌类别上的优势菌群和劣势菌群。同时,鉴定出与RA相关的血液微生物组—变形菌门中的三个类群可通过介导基因PARP9 mRNA表达水平从而对RA的发生起到因果推断作用。