由于蜘蛛抱蛋属植物花小、花期短、伏地易被掩盖难采集且变异较大,其分类鉴定很困难,迄今为止没有较为满意的分类系统,虽然现在多辅以细胞分类学、微形态学、孢粉学及DNA条形码进行鉴定,但效果并不理想,这将严重影响到该属药用植物的深层次开发利用。本次研究通过提取蜘蛛抱蛋属25个物种的总DNA并纯化,采用Illumina高通量测序技术进行测序和拼接获得中国蜘蛛抱蛋属25种植物的叶绿体全基因组序列,并对其进行基因注释,绘制得到各自的叶绿体基因组物理图谱;分别对叶绿体基因组的结构、组成、种类进行分析,为后续蜘蛛抱蛋属的药用植物的鉴定研究奠定了基础。检测叶绿体基因组的SNP位点和InDel位点,比较蜘蛛抱蛋属植物基因组的多态性,结果显示该属植物之间的叶绿体全基因组具有变异性;计算该属植物种间遗传距离并进行分析,结果显示种间遗传距离较小的物种的亲缘关系较近,与系统发育分析结果一致。同时运用最大似然法、最大简约法、贝叶斯法构建蜘蛛抱蛋属药用植物的系统发育树,建树结果显示叶绿体全基因组可以将蜘蛛抱蛋属25种物种近缘种成功区分开,但与该属的传统分类学有差异。本研究将为构建蜘蛛抱蛋属植物高效、快速鉴定体系的新方法提供依据,为药用植物DNA条形码鉴定研究提供新思路;有助于促进解决该属的分类学问题,为建立属下分类系统奠定理论基础。