随着改革开放的不断推进，我国的非政府组织也迅速的发展壮大起来。它们作为国家、企业之外的新的角色广泛参与了社会各领域的活动，在社会公共事务治理中发挥了不可替代的作用。与我国的经济转轨和社会转型相对应，我国非政府组织与政府关系也正处于快速变化之中，如何科学地处理它们之间的关系，对于促进我国社会的可持续发展，满足人们的公共需要以及构建和谐社会都具有重大意义。“治理”强调国家与社会、政府与非政府组织在社会公共事务管理中的合作，它为我们处理二者之间关系提供了一个全新的视角。 论文首先阐述了治理的内涵，非政府组织的概念、类别以及它们在治理中的作用，为全文提供了分析的切入点，同时，对二者之间关系的相关理论作了介绍。随后对我国非政府组织与政府关系的历史发展进行了梳理，为我们把握二者关系提供了一个宏观背景。在此基础上从两个方面探讨了当前我国非政府组织与政府互动关系：政府对非政府组织的管理和培育；非政府组织对政府的作用和影响。接着，本文重点分析了目前我国非政府组织与政府关系中存在的问题，以及问题的成因。最后结合国外经验对我国非政府组织与政府良性互动的合作伙伴关系的构建提出了几点建议：明确双方的职能关系，理顺双方的利益关系，确立双方的互信关系，实现双方关系的法制化。最终实现以政府为主体，包括非政府组织在内的社会各方力量共同参与的治理模式。