《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010—2020年)》第一次系统阐述现代学校制度,明确提出完善中国特色现代大学制度。大学治理结构是中国特色现代大学制度的核心问题,也是当下高等学校内部管理体制改革的热点。二级学院作为高校的办学基础,对其发展起着至关重要的作用,其治理改革有助于优化高校内部治理结构,推进高校办学治校体系和治理能力的现代化,中国特色现代大学制度背景下,探讨大学治理体系改革,构建科学的二级学院的运行机制具有较大的理论价值和实践意义。本研究选择75所教育部属高校章程为样本进行分析,采用文献研究法和比较研究法对高校二级学院运行机制理论基础进行阐述并探索二级学院各组织的发展历程,在此基础上进一步分析75所教育部属高校章程中的二级学院文本,经过对章程中二级学院各组织要素内容进行数据整理、发现高校章程制定更多从高校实际出发,这样缺乏科学性、学理性的章程文本制定使得二级学院运行中存在组织性质与职责不明确、内部各组织间权力边界不清、运行机制不完善和法规不健全等问题。针对章程中涉及二级学院运行机制出现的问题,提出完善二级学院运行机制的建议。首先,明确自身的性质与功能定位,落实二级学院办学自主权,增强办学活力;其次,明晰二级学院组织关系,为决策的民主、科学提供保障;再次,完善二级学院党政联席会议制度,加强党政联系,提高二级学院的工作效率;最后,健全二级学院运行机制,做到有法可依、有法必依。