改革开放后,伴随西方史学理论的涌入,中国历史学面临新的问题与挑战,刘大年对历史学出现的新问题做了建设性的工作。在推进马克思主义史学发展方面,刘大年拨乱反正,反对历史学屈服于政治权威,要求历史学家注重现实,关注历史学的时代性,纠正了脱离现实、“为历史而历史”的不良学风;对唯物主义与历史学的关系问题进行了探讨,提出了将唯物主义与史学理论相区别、历史学有自己的理论与方法的观点,建立了基本的史学理论学科体系,重塑了历史学的科学性;总结我国史学传统,分析了中国最终选择马克思主义的文化因素,要求马克思主义要与中国史学传统相结合,为推进中国马克思主义史学发展开拓了新的征途;对出现的“淡化”马克思主义指导思想地位思想倾向与“回到乾嘉”极端观点的批评,反对史料与理论的脱节,重新确立了马克思主义对历史学的指导作用,要求在坚持马克思主义的指导地位的前提下实现史学的多元化。在中国近代史研究方面,刘大年在前人成果的基础上重新阐述了中国近代史重大理论问题,将民族独立、实现近代化与近代中国社会性质密切衔接;肯定改良运动的积极意义,重新研究戊戌变法、孙中山、辛亥革命,关注抗日战争史研究,否定了“告别革命”说;主张历史研究要注意阶级分析,依据新的社会形势,提出跨学科研究,拓宽了历史研究领域,丰富了史学研究内容。