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目的研究广东地区乙型肝炎病毒相关肝癌患者HBV基因型、前S/S基因及前C/C基因变异的特点及探讨与肝癌发生的关系。方法分别提取44例乙型肝炎病毒相关肝癌患者及与之匹配的43例无症状携带者(ASC)血清HBV DNA, PCR扩增前S/S基因及前C/C基因,所得阳性PCR产物测序并进行基因结构分析、基因亚型分型、检测基因变异活跃位点,最后对两组资料进行统计学分析。结果肝癌组B基因型21例(47.7%),均为Ba亚型,C基因型23例,其中C1亚型19例(43.2%),C2亚型4例(9.1%);ASC组B基因型19例(44.2%),均为Ba亚型,C基因型24例,其中C1亚型16例(37.2%),C2亚型8例(18.6%),两组样本在基因亚型分布上无显著差异。与ASC组比较,肝癌组前S基因缺失变异、前C变异(G1899A)、BCP变异(A1762T/G1764A)、C基因变异(T1976A/C1977A)发生率更高,差异具有统计学意义(P值分别为0.01、0.011、0.001、0.005),而前C变异(G1896A)在两组间差异无统计学意义(P值=0.506)。对HBV前S基因序列进一步分析发现,前S基因缺失变异主要发生在前S1基因3’端和前S2基因5’端,发生HBV前S基因缺失变异的样本中多数属于框移缺失变异。肝癌组中发生HBV前S基因缺失变异的样本中有13例(61.9%)是以前S基因野生型与缺失变异混合形式存在,8例(38.1%)是以前S基因缺失变异单一形式存在;在所有样本中,前S基因缺失变异发生率在Ba、C1、C2亚型间差异无统计学意义(P=0.919),在肝癌组,前S基因缺失变异发生率在Ba、C1亚型间(C2亚型样本量较少排除)差异无统计学意义(P值=0.726)。对肝癌组BCP变异(A1762T/G1764A)进一步分析发现,BCP变异(A1762T/G1764A)在C1、C2亚型中较Ba亚型发生率高,BCP变异(A1762T/G1764A)发生率在Ba、C1亚型间(C2亚型样本量较少排除)差异有统计学意义(P值=0.049)。经Logistic回归分析得出,HBV前S基因缺失变异、BCP变异(A1762T/G1764A)、前C变异(G1899A)、C基因变异(T1976A/C1977A)与肝癌相关(OR值:7.045,95%CI:4.352-17.653;OR值:9.524,95% CI:5.537-19.890;OR值:3.875,95%CI:1.529-11.730;OR值:2.677,95% CI:1.598-6.954)。结论广东地区HBV相关肝癌患者HBV主要基因亚型为Ba和C1;与ASC组比较,肝癌组HBV前S基因缺失变异、BCP变异(A1762T/G1764A),前C变异(G1899A)、C基因变异(T1976A/C1977A)发生率均高,上述HBV的联合变异可能增加了肝癌发生的风险。