政府与环境保护类非政府组织关系不仅与保护环境的治理成效息息相关，更关涉未来国家与社会关系的基本安排。在既有研究中，“组织行为主义”未能对制度统摄下的组织独立性加以充分的反思;而“制度决定论”的问题在于掩盖了组织的自主行为能力。因此，我们认为有必要秉持一种兼顾制度与组织行为的“二维观”，方能准确捕捉中国大陆非政府组织与政府之间的真实关系。　　基于此，本研究以四个环境保护类NGO为案例，尝试从组织自主性与独立性剖析二者的日常互动。研究发现，政府与社会组织多元关系是一个极具实践情境特征且有着不同作用面向和方式的复杂互动的波形过程。二者关系的形成既不是取决于宏观社会制度，或组织灵活权变的策略行为，更重要的是取决于特定的环境和社会结构中，核心组织独立性与自主性相互联结的微观实践，由此引发纷繁复杂的关系类型:即“嵌入式吸纳”、“偶发性共生”、“延伸性依附”、“竞争对抗”。此外，在现实场景中，政府与非政府组织关系的稳定结构并非常态，这取决于政府态度、非政府组织与政府行为互动等变量的不同组合;当前政府控制社会表现出更为微妙与隐蔽的法团主义策略，表明我国社会体系的自主发展能力仍处于较低水平;草根NGOS有可能以集体抗争的形式与国家构造出一种颇具张力的“竞争对抗”关系，这一发现有效修正了该关系类型的历史缺位。　　但由于受到正式制度与非正式制度的双重影响，环境NGOS普遍表现出对政府的依附倾向，由此结成了一种非平等关系。从合作治理视角看，政府与社会组织的良性互动关系要以制度化为保证;建设“集约型”、“环境型”政府，明确地方政府的自身定位;健全环境社会组织治理机制、完善人才吸纳政策、实现政府与非政府组织双方资源的结构平衡亦是促进二者良性互动关系的重要路径。