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泡菜最早始于中国,是人们喜爱的佐餐食品,它是利用蔬菜上附着的乳酸菌自然发酵而成。研究表明,乳酸菌能够消耗亚硝酸盐,产生细菌素,积累维生素、有机酸等,并且赋予泡菜特别的风味。 分子生物学方法近年来已被广泛应用于微生物多样性的研究中,也越来越多地应用于食品微生态的研究。其中,PCR-DGGE技术在不同种群的初步调查以及优势群落的鉴定中是非常有用的,能够提供有关群体变化和差异的信息,并且可以和传统方法、杂交技术、克隆测序技术等结合起来,从而全面认识微生态的组成。本研究首次应用PCR-DGGE技术分析我国传统发酵食品泡菜中乳酸菌的多样性,并与国内采用传统分离培养方法对泡菜中乳酸菌的研究结果进行了比较,进一步对DGGE条带进行了克隆测序,并绘制了进化树(phylogenetic tree)。 采用CTAB法直接从泡菜液中抽提总DNA,对总DNA中16S rDNA的V7-V8可变区序列作PCR扩增,30%—40%变性梯度凝胶电泳分离效果较好,发现所取的不同样品间的菌种差异相当显著。 通过对DGGE条带割胶回收并进行克隆测序,利用Genbank中的Blastn与已知序列比对,并利用Clustal X程序和Phylip软件包进行分析,构建进化树。结果表明,测定的16S rDNA部分序列与乳酸菌序列呈现高度的同源性,条带E与小片球菌(Pediococcus parvulus)有相近的亲缘关系,相似性达到99.4%;条带F与乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)有相近的亲缘关系,相似性达到98.2%;条带G与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)有相近的亲缘关系,相似性达到99.1%;条带H与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)有相近的亲缘关系,相似性达到99.7%;条带I与德氏乳杆菌(Lactobacillus delbrueckii)有相近的亲缘关系,相似性达到99.7%。条带G与H的序列有四个碱基不同,并且G+C含量不同,可能属于不同的亚种。由此推知,所选取的家庭泡菜样品中可能含有小片球菌、植物乳杆菌、乳酸乳球菌、德氏乳杆菌等。 在DGGE与国内采用传统分离培养方法对泡菜中乳酸菌的研究结果的比较研究中,两种方法检测到的细菌多样性结果不完全一致,说明两种方法都有一定的选择性和局限性,对DGGE条带进行克隆测序,才更具有说服力。