全面预算管理作为管理会计的重要组成部分,是实质上的管理控制系统,是一种内部管理控制的方法,它通过预算编制、预算执行、预算调控、预算考评等有机环节动态地发挥着作用,是内部控制系统的核心。在我国很多企业已经实行全面预算管理,在军工科研单位尚没有形成一种氛围。我国经济体制和科技体制改革的深化带动了国防科技工业运行机制改革不断向纵深发展,军品供求由原先的指令性计划关系向实行国家军事订货制度转变,军工科研单位由最初的事业单位性质向事业单位和企业单位的经济混合体转变。在这种背景下,军工科研单位面临了越来越激烈的竞争环境,追求的目标也由完成工作、成果获奖转换为以获取最大利润为目标。为了适应这些转变,提升竞争能力,军工科研单位开始寻求各种各样的管理方法来加强内部管理。军工科研单位引入全面预算管理,是管理方法、管理思想、原则及基本理念的根本转变。引入全面预算管理能够有力的促进了军工科研单位为追求自身长远目标的实现,通过开展全面预算管理工作,规范了科研生产经营活动的行为,实现了组织结构和业务流程再造与整和,使资源配置更加科学、更加合理。实现了科研生产经营活动中现金流、信息流、实物流的同步控制,促进了管理重心的前移,使军工科研单位的经营决策和管理更加系统、更加科学、更加有效,促进了整体管理水平的提升。本文着重阐述了研究军工科研单位全面预算管理的背景、意义及特殊性,介绍了军工科研单位推行全面预算管理过程中存在的问题,回顾了CET军工科研单位全面预算管理具体做法,提出了全面预算管理应采取的对策及建议,力图寻找一种实现军工科研单位资源优化合理配置,提高单位经济效益的先进而科学的全面预算管理方法,为科研单位如何做好全面预算管理提供参考。