刑法适用平等原则,是办理刑事案件过程中必须遵循的基本原则之一。这一基本原则在类案的处理上体现得更为直观、更容易吸引民众关注的目光。然而,对于类案的处理,在司法实践中,常常呈现出差异明显的结果,屡屡出现同案不同判的现象,对于普通民众而言,这就是突破平等适用原则、无法体现公平,甚至质疑司法公正性的做法。对于造成这种差异现象的原因或出现裁判差异的影响因素,学界已有的研究分析,主要集中在法理依据、裁判规范的问题或立法与社会发展间的矛盾问题等方面,本文则以“非法占用农用地罪”这一特定类型的刑事案件作为基础,以实地调查和实证研究为主要方法,展现不同地域的侦查机关、审查起诉机关及审判机关等主体办理涉嫌非法占用农用地罪的相关案件过程中,对犯罪事实、情节及行为后果相似的类案所作出的最终处理差异极大,甚至存在的原则性的差异（罪与非罪、罚与不罚、重判与轻罚）等现象,通过实地走访调查、论证分析,发现导致这些差异的原因或者说出现类案裁判差异的影响因素,上述研究成果并不全面和深刻,认为主要受内部性因素（法律自身的问题、法律规定的问题、各案件具体的法律事实及证据差异、裁判主体方面的问题）和外部性因素（司法政策实施带来的影响、结构性制约、司法社会化的影响、各相关机关的不同需求、鉴定评估机构操作差异、网络媒体的关注程度等）的多方面影响,继而指出出现类案裁判差异有其合理性,但终究是与我们追求平等适用法律、努力实现法制统一的目标相悖的,同时也降低了民众对公平正义的信心、削弱了司法公信力。最后,结合我国特有的国情及当下依法治国和司法改革的契机,对如何减少和避免不必要的类案裁判差异提出对策和建议。