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我国是个矿产大国也是个抗生素使用的大国,由此带来的重金属污染和抗生素污染都十分严重。微生物具有修复这些污染的潜力,对微生物的分离鉴定对治理这类污染有极其重要的作用。本研究自湖南省临湘市忠防镇铅锌矿附近农田土壤中分离出到73株细菌,扩增其16S rRNA基因序列并用HaeⅢ进行酶切。综合比对酶切结果和菌落形态,对去除其中重复菌株后的16S rRNA序列进行测序分析,得到24个不同的种的细菌,分属于6个属:贪铜菌属(Cupriavidus),假单胞菌属(Pseudomonas),伯克氏菌属(Burkholderia),芽孢杆菌(Bacillus),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),农研丝杆菌属(Niastella),其中优势种属为贪铜菌属,占总数的37.5%。其中的菌株DJ57~T由于其16S rRNA基因序列与Niastella属的细菌较相似,其相似度最高的菌为Niastella populi 208~T,相似度为95.83%,同时该菌与其它Niastella属菌的16S rRNA基因序列的相似性都低于95.76%,认为该菌可能属于Niastella属的一株新菌。该菌是一株丝杆状、滑行、没有鞭毛的革兰氏阴性菌。其主要脂肪酸(>5%)为iso-C15:0,iso-C17:03-OH,iso-C15:1G,anteiso-C15:0 and iso-C16:0;G+C含量为44.0 mol%;主要极性脂为磷酸乙醇胺、三种未知的氨基脂、三种未知的磷脂以及六种未知脂类。这些性质与Niastella属的共性相符。但由于其16S rRNA基因序列的特异性以及该菌具有硝化作用,有酯酶C4、胰蛋白酶及α-果糖苷酶的活性,这些均与已知的Niastella菌不同,表明菌株DJ57~T是Niastella属的一个新种。命名为乡村农研丝杆菌Niastella vici sp.nov.。Niastella属是属于鞘脂杆菌目噬几丁质科。为了更好的了解和利用该属的菌种资源,本研究对四株菌Niastella vici DJ57~T,Niastella populi 208~T,Niastella yeongjuensis17621T和Niastella koreensis 17621T进行了分析,发现这个属中大部分菌都具有抗多种重金属、抗多种抗生素及水解胶体几丁质的能力,这些特性前期还没有被报道。为了找到这些表型的基因组依据,我们对四株菌进行了全基因组测序和比对分析,发现了与重金属抗性基因、几丁质水解酶基因以及抗生素水解的β-金属内酰胺酶基因。同时也找到了与菌株表型相关的基因,如杆状细胞决定基因、细胞分裂抑制基因、滑行基因。这些结果都反映了该类菌基因型和表型的一致性。本研究结果丰富了物种的多样性,基因组分析也为对该属细菌的理论和应用研究提供了基础。