自1989年上海证券交易所成立以来,中国证券市场迅速发展,帮助企业进行了融资活动和股份制改造,优化资本结构和资源配置,减少了资源浪费。但是,在这十几年资本市场发展过程中,中小股东利益受侵害的案件层出不穷,严重损害了小投资者的投资信心和投资热情,导致股市持续低迷和股价的不断下跌。因此,加强中小股东利益的保护,维护证券市场健康发展迫在眉睫。本文研究的目的是通过对大股东对中小股东利益侵害原因的分析,探索通过降低两种代理成本和制度环境建设等途径加强对中小股东利益保护,为保护中小股东利益提供理论指导。本文以理论分析与实证分析相结合,系统地分析了大股东侵害中小股东利益的表现形式、手段、危害、原因以及侵害度的评估。利用双重委托代理理论,通过对大股东及代理人的激励和约束,探讨降低第一种代理成本,通过对中小股东代理人的确立和完善,探讨降低第二种代理成本,通过两种代理成本的降低实现全体股东利益最大化。最后,在以上分析的基础上,提出保护中小股东利益的对策。