21世纪中国坐拥人口红利,大力发展以制造业为主的工业,如今已成为制造业大国,而重庆的定位则是我国重要的现代化制造业基地。自直辖以来,重庆制造业的发展非常迅速。即使在中国经济增速放缓,不断寻找新增长点的大前提下,重庆制造业仍然是重庆经济增长的着力点。重庆制造业在过去发展的十多年中,始终伴随着高投入、低产出、高能耗的行业弊端,只有找到影响重庆制造业全要素生产率的主要因素,才能提出具有针对性的政策建议。不仅如此,找到重庆制造业全要素生产率变动规律及其影响因素对政府引导重庆制造业今后的发展也有着重要的现实意义。本文运用基于DEA的Malmquist指数方法,对重庆制造业全要素生产率进行了测算,结果表明:2003-2013年期间,重庆制造业各个行业的全要素生产率水平都得到了较大提高;技术效率处于长期波动的态势,总体小幅增长;技术进步总体虽然有波动,但处于上升趋势,上升幅度大于技术效率的增长幅度。技术进步是影响重庆制造业全要素生产率指数的主要因素,技术效率对全要素生产率的提升不明显。从分类情况看,机械电子加工业的技术效率最低,在一定程度上影响了全要素生产率指数;轻纺制造业的全要素生产率处于缓慢增长状态。技术进步指数最大的是中高端技术制造业,其全要素生产率指数受技术进步影响比较强烈;高端技术制造业、低端技术制造业和中低端技术制造业的指数都落后于中高端制造业。研究发现,在数据选取的年份提高制造业人员素质、加大科技研发投入和非公有制经济的积极参与对重庆制造业全要素生产率的提高有较大的促进作用。