奶牛乳腺炎是对奶牛场危害最大、最常见的疾病，不但直接造成巨大的经济损失，还对消费者的健康构成潜在威胁，因此，对奶牛乳腺炎的防治研究具有重要意义。奶牛乳腺炎抗性育种是降低乳腺炎发病率和减轻疾病损害的重要途径，随着生物技术的发展，以分子标记辅助选择为标志的分子育种在奶牛育种表现出显著优越性和巨大潜力。奶牛乳腺炎抗性分子标记辅助选择的关键是奶牛乳腺炎相关基因的定位，即QTL定位。目前借助分子生物学技术进行QTL定位的方法主要有标记-QTL连锁分析和候选基因分析。抗菌肽在宿主先天免疫中有重要作用。HSTN基因是最近新发现的一种牛抗菌肽基因，其编码的histatherin在体外对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和念珠菌都有很强的杀菌活性，因此可作为奶牛乳腺炎的候选基因，在分子标记辅助选择中有一定的应用潜力。目前国内外尚未有对HSTN基因与乳腺炎相关性的研究。本研究采用候选基因分析法，以牛HSTN基因作为候选基因，以来自济南佳宝乳业第一和第二牧场、青岛高产奶牛原种场和青岛奥特奶牛原种场等4个参加奶牛群体改良计划的规模化奶牛场的736头中国荷斯坦奶牛为研究群体，采用PCR-测序方法鉴定得到HSTN基因的3个SNP位点，用PCR-RFLP方法检测研究群体中每头动物的基因型，结合生产性能测定数据，应用SAS9.0软件的最小二乘法拟合线性模型，进行HSTN基因3个SNP位点与乳SCS及产奶性状的单位点基因型关联分析和组合基因型关联分析，发现：g.-866T>A位点处的AA基因型与较低的SCS相关，而TT基因型与较高的SCS相关；g.-866T>A位点处的AA基因型和g.11124T>G位点处的GG基因型均与较低的乳脂率相关；g.-866T>A位点处的AA基因型与较高的305天产奶量相关。本研究可为HSTN基因用于分子标记辅助选择的可行性提供初步参考，而对于HSTN基因在奶牛乳腺炎中所起的作用还需要进行更深入的研究。