基于生信分析BRAF调控分化型甲状腺癌进展的机制研究及肿瘤标记物筛选

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jmzhao8888
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目的:甲状腺癌是内分泌系统最常见的恶性肿瘤,分化型甲状腺癌占其中的90%以上。BRAF基因突变是分化型甲状腺癌最常见的基因突变,其与肿瘤的发生、发展有关。虽然携带BRAF基因突变的患者预后通常差于BRAF基因野生型患者,但突变患者的预后也不一致。因此,研究BRAF基因突变的作用机制并为这类患者寻找新的预后标记物来加强风险评估会有利于提高对BRAF基因突变分化型甲状腺癌的预后判断和诊治水平。方法:从肿瘤基因组图谱数据库下载甲状腺癌与癌旁组织样本的基因转录组表达数据及临床资料。用加权基因共表达网络分析来构建BRAF基因突变调控的基因共表达模块,通过模块的表型相关性分析找到有临床意义的模块,通过通路富集分析探究模块内基因的主要功能,并在模块中筛选BRAF基因突变的分化型甲状腺癌特异性的预后标记物。结果:本研究成功构建了3个分化型甲状腺癌中BRAF基因突变调控的基因共表达模块,且其中2个模块与颈部淋巴结转移分期相关。在这两个模块的36个枢纽基因中,与分化型甲状腺癌预后相关的基因有9个:SLC26A4、SOD3、KIT、GNAI1、FN1、ITGA2、IQGAP2、SORBS2和ITGA3。通过分组的无病生存期分析,最终3个基因,FN1、ITGA3、GNAI1,在BRAF基因突变的分化型甲状腺癌患者与BRAF基因野生型患者中呈现相反的预后趋势,其中FN1和ITGA3是BRAF基因突变的分化型甲状腺癌特异性的预后标记物,GNAI1与BRAF基因突变患者的预后有相关的趋势。FN1、ITGA3、GNAI1这3个基因可联合作为基因组合用于BRAF基因突变的分化型甲状腺癌患者的预后预测。结论:本研究建立了分化型甲状腺癌中BRAF基因突变调控的基因共表达模块与颈部淋巴结转移分期之间的联系并探讨了作用机制,从中找到了2个基因FN1、ITGA3是BRAF基因突变的分化型甲状腺癌的特异性预后标记物,FN1、ITGA3、GNAI1这3个基因可联合作为基因组合用于BRAF基因突变的分化型甲状腺癌患者的预后预测。
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