当专利侵权纠纷发生时,权利人向人民法院提起诉讼,被告往往会对专利权的有效性提出异议,并向国家知识产权局下设的专利复审委员会提起专利无效宣告。这样会同时激发两起独立的争议程序。而专利侵权诉讼的判决,依赖涉案专利权的效力确定。受理法院为了避免自己的裁判结果与专利复审委员会的审查结果产生冲突,一般也会等待确权程序的结果,这样必然造成案件拖延,降低纠纷解决的效率。而且专利确权经过行政机关的审查决定后,还有确权行政诉讼的一审、二审,存在循环诉讼的问题。由于专利确权与专利侵权诉讼是由不同的人员独立解决,还难以确保两者结果的协调性。可见,我国现有的专利确权制度存在诸多的问题。本论文首先对专利确权制度的理论进行梳理,探究专利确权的本质。然后从我国现行专利确权机制的发展历程分析了该专利确权制度的特点,再以实证分析的方法研究了我国目前专利保护面临的新的情况,主要分析了我国目前专利案件办理面临的压力。同时,分析和总结了我国现有专利确权制度面临的效力低下、不协调等诸多问题。在此基础上,本文又横向比较研究了域外先进国家的专利确权制度经验,进而结合我国最新的司法体制改革实践和法治建设的最新成果提出了自己的对策建议。一方面,我国专利确权应采用双轨制,赋予法院具有专利确权的权力。为确保制度的落地,结合我国的实际国情及我国专利的不同要求,提出将实用新型和外观设计的确权权力赋予地区的知识产权法院或知识产权法庭等知识产权审判机构,以优化资源配置,有效地解决专利确权和专利侵权纠纷案件的效率问题,侵权诉讼案件与确权诉讼案件不协调等问题。另一方面,明确授权前专利确权与授权后专利确权适用不同的司法救济程序,对于授权前专利确权的司法救济程序,可以以作出确权决定的行政机关为被告提起行政诉讼,但是对于授权后专利确权的司法救济程序中,应以诉争双方当事人为原被告,做出无效审查决定的行政机关仅列作第三人,以进一步减缓双轨制确权制度下行政确权途径给国家知识产权局带来的诉讼压力。对于发明专利的确权,通过设立统一的知识产权法院,以受理全国范围内的发明专利确权案件,针对发明专利提起的专利无效宣告案件可以直接向知识产权法院提出,该知识产权法院做出的一审判决可以上诉至最高人民法院,由最高人民法院知识产权法庭进行审判,最高人民法院知识产权法庭做出的判决为终审判决。发明专利的再审案件则由最高人民法院知识产权审判庭进行审理。由此,专利确权循环诉讼的问题,专利侵权诉讼效率低的问题,侵权诉讼案件与确权诉讼案件不协调的问题,以及专利复审委员会在在专利确权行政诉讼中列被告等方面的问题都会从根本上得到明显改善。