萝卜(Raphanus sativus L.)是十字花科萝卜属一、二年生根菜类蔬菜,在我国种质资源丰富,种植面积位居世界前列。逆转座子(RTNs)是植物基因组中最丰富的一类转座元件,其转座过程需以RNA为中间媒介。根据其长末端重复序列(LTR)的有无,逆转座子又可进一步分为两类：LTRs (long terminal repeat retrotransposons)和non-LTRs,其中研究内容较多的是LTR逆转座子。根据LTRs内pol编码区基因排列顺序的差异,其又可被分为两亚类:Tyl-copia和Ty3-gypsy。大量研究表明,逆转座子在植物基因组进化过程中发挥了重要作用,它在植物基因组内分布广泛,具有高拷贝性及高异质性,对植物基因组的组成、结构和功能具有重要影响。基于逆转座子的分子标记具有灵敏度高、覆盖面广、多态性高等显著优点。目前为止,基于逆转座子的分子标记技术体系已经在较多大田作物中成功建立,并应用于遗传多样性分析及优良品种选育,但蔬菜作物中报道较少,在萝卜中还未见相关报道。萝卜LTR逆转座子分离与鉴定将为研究萝卜基因组进化和起源提供理论依据,相关标记开发能够为萝卜分子水平的遗传育种和品种改良提供一种新的技术手段。本研究根据LTRs逆转录酶序列的保守区设计逆转录酶引物,通过PCR扩增技术在萝卜基因组中克隆和分离得到了Ty1-copia和Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列,并对其核苷酸同源性及异质性进行分析；通过对IRAP标记的主要影响因子进行初步研究,成功在萝卜中建立并优化了IRAP标记体系；以30个萝卜品种为材料,利用IRAP标记分析了其遗传多样性及亲缘关系,基于IRAP标记产生的多态性条带进行了聚类分析,并构建了萝卜MCID图。主要研究结果如下：1.以萝卜品种’NAU-YH’和‘PI381011’为材料,根据Tyl-copia类逆转座子逆转录酶(RT)的保守区域设计简并引物,通过PCR扩增在萝卜基因组中克隆得到了32条Ty1-copia类逆转录酶序列。这些序列表现出了高度的异质性,其长度范围为258-267 bp,核苷酸比对显示同源性范围为17.4%-97.7%。将它们翻译成氨基酸,通过比对发现这些逆转录酶序列均存在不同程度的碱基缺失和基因突变,主要表现为移框突变和终止密码子突变。32条逆转录酶序列中共有13(40.63%)条发生了基因突变,其中2条移框突变,11条终止密码子突变。将这些逆转录酶的氨基酸序列与GenBank中已公布的其他物种该类型逆转录酶序死进行聚类分析,并制作系统进化树。结果表明,萝卜Ty1-copia类逆转座子与其他植物具有较高的同源性,与芜菁、芥菜、黄瓜及番茄可能有共同的起源。2.根据Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区域设计简并引物,在萝、品种’NAU-YH’和‘PI381011’基因组中均扩增出了430 bp左右的目的条带。回收测序后,共获得了20条萝卜Ty3-gypsy逆转录酶序列,这些核苷酸序列表现出了高度的异质性,主要体现为碱基的缺失和突变。核苷酸序列长度变化范围为360-432 bp,同源性范围为11.6%-99.2%,其中有3(15%)条发生了移框突变和终止密码子突变。将这些核苷酸序列翻译成氨基酸,根据遗传距离将20条序列分为5个家族。比较萝卜与其他物种中Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶的同源性,其系统进化树表明,萝卜与拟南芥、多花黑麦草及银杏中存在相似性很高的Ty3-gypsy类逆转座子,表明他们可能有共同的起源。3.对克隆得到的萝卜Tyl-copia逆转座子逆转录酶序列进行对比分析,在其相对保守的区域设计45条引物,并在2个萝卜品种中进行了初步筛选,共得到了33条理想的引物。以萝卜品种’NAU-SN’为实验材料,对萝卜IRAP反应体系的主要影响因素进行初步研究,建立了最适合萝卜的IRAP标记技术体系。确立的萝卜IRAP分子标记体系为(20μl):20 ng DNA模板,1×PCR Buffer,0.4 μmol·L-1引物,0.25mmol·L-1 dNTPs,2.0 mmol·L-1 Mg2+,1 U Taq DN A酶。利用此技术体系进行萝卜品种的遗传多样性分析。结果表明,在30个萝卜品种中共扩增出了212条多态性条带,每条引物平均产生6.42个位点。聚类分析表明,30个萝卜品种可以分为5大类,其中20个萝卜栽培品种被聚为一类。利用7个多态性IRAP引物手动构建了萝卜品种鉴定图(MCID),结果表明,30个萝卜品种可以被7个IRAP引物完全区分,表明该标记体系可有效检测萝卜不同类型材料间的多态性,可用于萝卜亲缘关系及遗传多样性的分析。