小熊猫(Ailurus fulgens)是亚洲特有的珍稀动物。目前,野生小熊猫正受到栖息地减少,片断化和人类活动干扰等威胁,属于濒危物种。小熊猫在中国已有60年的圈养历史,曾经有47个机构饲养过小熊猫,圈养种群现存数量约300多只。关于圈养小熊猫种群遗传多样性仅有成都大熊猫基地等少数群体有过研究报道,中国大部分地区圈养小熊猫的遗传多样性状况不明。国际小熊猫谱系于1978年建立,中国小熊猫谱系于1998年建立。由于后代父权不清、原始记录不详实、个体标识缺失,部分个体来源不明等原因导致中国小熊猫谱系不完整。因此,亟须加强我国圈养小熊猫种群遗传多样性评价及谱系鉴定工作。微卫星标记由于具有多态性丰富,呈孟德尔共显性遗传方式等特性被广泛用于濒危动物的遗传学研究。本研究对现有的小熊猫微卫星标记进行广泛筛选,最终确定了能够用于小熊猫的遗传多样性研究的微卫星位点。分别采集中国境内11个小熊猫圈养群体(福州大熊猫研究中心,无锡动物园,上海动物园、北京动物园、番禺长隆香江野生动物园、广州动物园、重庆动物园、大足饲养场、四川冕宁饲养场、黄山动物园、温岭动物园)的116只个体样本,约占现有圈养种群数量的三分之一。应用微卫星标记对它们进行遗传多样性评估及遗传结构分析,并对福州群体进行亲权鉴定的研究,构建福州圈养小熊猫的种群遗传谱系图。主要研究结果如下：1.圈养种群(N=116)平均等位基因数、期望杂合度、观察杂合度分别为9.3、0.730、0.719,胡义波等人研究的野生群体(N=105)分别为9.2、0.719、0.679,二者同样具有较高的遗传多样性。11个圈养群体都具有较高的遗传多样性,平均基因丰富度3.05(北京)-4.026(冕宁),期望杂合度0.631(黄山)～0.782(温岭),其中福州和无锡群体极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。圈养小熊猫的遗传管理重点不是引进野生个体充实圈养种群,而是应制定科学的繁殖计划,避免近交,从而维持圈养种群的遗传多样性。2.所有种群内各个亚群体固定系数(FST)为0.055,表明11个群体遗传分化水平低,仅有5.5%的变异来自于种群间,94.5%的变异来自于种群内部个体间。3.以微卫星为基础的聚类分析将11个群体聚为两簇,福州部分个体聚为独立一簇。4.应用Cervus软件处理基因型数据,亲权模拟(Simulation)来评估在母子关系确实的情况下的可信度,19个基因座位的联合父权排除概率为0.99999968,置信度为95%；利用6个已知双亲的后代检验19个基因座位的可信度,后代与双亲的基因型完全符合孟德尔遗传定律,仅需要其中7个座位就能够有效确认小熊猫的亲权关系,成功鉴定出15个后代的生物学父亲。5.亲权鉴定的结果显示同一窝小熊猫均来自单一父权。基因型比对结果表明7对双胞均属于异卵双生。福州群体的后代中除920#和921#外,其余均源于487#或898#两只雄性,表明不同个体参与繁殖的机会不均等。因此,加强濒危野生动物种群管理,科学制定繁殖计划具有积极的现实意义。