随着我国高等教育的发展和大学管理体制改革的不断深入,大学对内部审计产生了比以往更多的需求,大学内部审计开始进入转型时期。但大学内部审计的作用却受到多方质疑,在大学内部审计行业内部也普遍存在着对转型时期内部审计职能认识不清的问题。因此,对转型时期大学内部审计职能进行研究已经成为新时期大学内部审计用来明确工作定位、改善审计环境、发挥审计功能,更好地为大学建设与发展服务的首要课题。本文坚持从实际出发,采用逻辑推理、文献分析与实证研究相结合的研究方法,在对大学内部审计职能的相关概念进行阐述和界定的基础上,结合大学管理与治理的发展变化对转型时期大学内部审计职能的属性进行了分析和揭示,剖析了职能履行过程中存在的问题与成因,并给出了改善转型时期大学内部审计职能发挥的思路。本文通过研究,提出转型时期中国公立大学内部审计的职能具有基于管理权的促进性职能和基于治理权的约束性职能的双重属性观点,得出在大学内部审计转型时期,主要由于权力约束和知识约束的原因,大学内部审计基于管理权的促进性职能发挥不够充分;主要由于制度约束和观念约束的原因,基于治理权的约束性职能发挥有限的结论。本文通过研究进一步得出,转型时期大学内部审计面临着服务管理和服务治理的双重挑战。由于大学管理与治理涉及不同的权力主体,所以,要改善大学内部审计职能履行的状况,必须依靠不同的权力主体与审计部门共同努力。具体来说,政府要提供合理的制度安排,完善大学的法人治理结构、建立现代大学制度;大学校长为主的行政权力要与内部审计一道,充分发挥大学内部审计的促进性职能,以提高办学效益和管理效率、促使学校各级责任人更好地完成受托责任为目的,积极开展服务于管理的内部控制审计、办学效益审计,积极提供审计咨询;大学党委为主的政治权力要与内部审计一道,大力发挥大学内部审计的约束性职能,以防范学校办学风险、促进办学公平、加强对权力的约束、缓解办学矛盾、构建和谐办学环境为目的,继续深化经济责任审计、建立干部问责制度、推行审计公示制度、探索审计委员会制度;以学术委员会或教授会为主的学术权力应该以推进依法办学、民主办学、科学办学为目的,更多地参与到学校的管理与治理中来,积极维护学术权力、努力构建尊重科学、民主、诚信与创新的组织文化。