黑棘鲷(Acanthopagrus schlegelii)具有生长速度较快、适应能力强、运动范围小、营养价值较高等特点,是近年来海水养殖的重要经济鱼类。线粒体DNA具有母系遗传、含量丰富、进化速度快及遗传行为比较独立等特点被广泛的应用在鱼类遗传多样性及遗传分化的研究中。本文以黑棘鲷线粒体D-loop、Cytb、COⅠ和16SrRNA四个片段的基因序列为基础,研究了中国沿海10个野生群体80个个体的遗传多样性和遗传分化情况,结果发现:(1)线粒体D-loop基因研究,发现多态位点数55个,共定义了36种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.973、核苷酸多样性指数Pi为0.00843,10个群体表现出了较高单倍型多样性和较高核苷酸多样性,其中海口群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0062-0.106,AMOVA分析和系统进化树显示10个野生群体间并没有出现显著的遗传分化,分子中性进化检验显示烟台和湛江群体显著偏离中性进化;(2)线粒体Cytb基因研究,发现多态位点数44个,共定义了13种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.664,核苷酸多样性指数Pi为0.02353,说明10个群体表现出了较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,其中厦门群体遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0012-0.0490,AMOVA分析和系统进化树显示厦门群体和其他9个群体间存在较显著的遗传分化,但其他9个群体间没有明显的遗传分化,分子中性进化检验显示南澳岛群体显著偏离中性进化;(3)线粒体COⅠ基因研究,发现多态位点数63个,共定义了9种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.509,核苷酸多样性指数Pi为0.00537,说明10个群体表现出了较高的单倍型多样性和较高的核苷酸多样性,其中湛江群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0003-0.0268,AMOVA分析和系统进化树均显示厦门群体和其他9个群体间存在较显著的遗传分化,但其他9个群体间没有明显的遗传分化,分子中性进化检验得出10个群体均未显著偏离中性进化;(4)线粒体16SrRNA基因研究,发现多态位点数16个,共定义了9种单倍型,10个群体的单倍型多样性指数Hd为0.393,核苷酸多样性指数Pi为0.00319,说明10个群体表现出了较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,其中湛江群体的遗传多样性最大,遗传距离范围为0.0000-0.0057,AMOVA分析和系统进化树均显示10个野生群体间并没有出现显著的遗传分化,分子中性进化检验显示舟山群体显著偏离中性进化。综上所述,发现D-loop、COⅠ、Cytb基因可以很好的揭示群体的遗传多样性,但16s rRNA基因在揭示黑棘鲷遗传多样性方面效果不明显,不适合用于黑棘鲷种内遗传多样性的研究。可以看出中国沿海10个黑棘鲷野生群体的遗传多样性总体上处于中等水平,其中湛江、厦门、海口群体的遗传多样性较高,这与其所处的地理位置有关。四个基因片段总体上均显示我国南北方群体间并未出现明显的遗传分化,可以归为同一个管理单元,但其中COⅠ和Cytb基因显示厦门群体和其他9个群体间存在明显的遗传分化,这可能与厦门海域存在地理隔离有关,具体原因还有待进一步验证。遗传距离显示10个群体均未达到亚种的分化水平,遗传距离大小和群体所处地理位置没有明显关系,本研究将对黑棘鲷的种质改良、养殖育苗及种质资源的保护提供重要的理论依据。