【摘 要】
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布鲁氏菌引起的布鲁氏菌病是重要人畜共患传染病之一,在世界范围内广泛流行,给养殖业和人类健康造成了严重威胁,其致病机制和免疫机制尚不明确。布鲁氏菌毒力基因和免疫调控基因及他们之间的关系往往淹没在海量科学文献数据中,导致全面理解和系统性研究其致病和免疫分子机制十分困难。通过构建布鲁氏菌病关联知识库,为系统性研究布鲁氏菌的致病和免疫机制,研发治疗药物和疫苗提供新的思路和线索。本文立足于文献挖掘,以布鲁氏
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布鲁氏菌引起的布鲁氏菌病是重要人畜共患传染病之一,在世界范围内广泛流行,给养殖业和人类健康造成了严重威胁,其致病机制和免疫机制尚不明确。布鲁氏菌毒力基因和免疫调控基因及他们之间的关系往往淹没在海量科学文献数据中,导致全面理解和系统性研究其致病和免疫分子机制十分困难。通过构建布鲁氏菌病关联知识库,为系统性研究布鲁氏菌的致病和免疫机制,研发治疗药物和疫苗提供新的思路和线索。本文立足于文献挖掘,以布鲁氏菌病相关文献摘要为研究对象,以命名实体识别和关系提取为研究方法,结合知识图谱达到构建布鲁氏菌病关联知识库的目的。主要研究内容及结论如下:（1）采用爬虫技术获取PubMed上检索得到的布鲁氏菌病文献摘要,对文献摘要进行预处理,将保留的文献摘要信息进行筛选,最终得到研究所需要的牛羊布鲁氏菌病文献摘要,作为实验的数据集。（2）基于生物医学命名实体识别模型Glove字符联合表示-BLSTM-CRF模型的运用,该模型在JNLPBA 2004通用数据集上得到了75.62%的F1值,通过模型识别文献摘要中疾病、基因、蛋白质、化合物等不同类型的生物医学实体。（3）基于生物医学关系提取模型Attention+BiGRU+Gumbel Tree门控单元模型的运用,该模型在通用数据集DDI上取得了73.1%的F1值。通过模型提取文献中布鲁氏菌病和基因、蛋白质、化合物等实体之间的关系。（4）基于Neo4j图数据库构建布鲁氏菌病关联知识库,整合布鲁氏菌病相关信息,对布鲁氏菌病相关实体进行关联性分析,实现布鲁氏菌病基因关联数据查询、可视化等操作,提供了更加直观便捷的可视化分析。（5）检索PubMed上布病发病率和患病率的论文,对中国大陆地区2016—2020年牲畜布病疫情数据进行分析,同时收集公共卫生科学数据中心农业部《兽医公报》中牲畜布病疫情资料,绘制布鲁氏菌病发病数全国分布图。
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