城市化、工业化、市场化的加快使农村人口空心化日益严峻,导致村民自治面临治理主体缺失及弱化的困境,严重影响村民自治效果。鉴于此,本文认为有必要分析人口空心化下村民自治的困境,并寻求相应的治理对策。本文通过对重庆市S县A、B镇X、Y村进行实地调研,结合理论研究,并以人力资本理论为框架分析认为,由于人口空心化下农村人力资本偏低,导致村民自治面临合格选民和候选人缺失及弱化、民主决策异化、民主管理形式化、民主监督虚化的困境。具体表现为:城乡差距推动农村劳动力过度外流,导致村民自治主体不足;农村教育和发展前景限制导致精英人才流失,降低村民自治主体素质;留守人员素质偏低和外流人员参与自治不足导致两者自治责任意识淡薄,影响村民自治开展;留守人员自治能力偏弱而外流人员回乡动力不足使村民总体积极性不足,影响自治效果。为应对人口空心化下村民自治的困境,应从四个方面着手提高农村人力资本:一是通过发展农业产业化、提升农村公共服务水平以缩小城乡差距,引导农民适当回流;二是实施人才定向培养和专门人才外部输入政策,充实农村治理人才;三是加大自治知识普及力度和引导外流人员广泛参与,培育农民自治责任意识;四是通过搞好自治理论与实践培训以提高留守农民自治能力,提升外流人员自治利益相关度,激励村民积极参与自治。